一种开发基因组SSR分子标记的方法

摘要

本发明公开了一种开发基因组SSR分子标记的方法，取两个植物样本，分别对样本进行DNA建库，得两个对应的文库；分别对文库采用Illumina测序技术进行测序，然后进行微组装，再从经过微组装后得到的Contigs中寻找得样本的SSR，筛选出两样本共有的SSR即染色体位置相同且重复单元相同的SSR，利用这些共有的SSR对两样本进行多态性筛选，根据两样本的SSR重复次数不同判断是否具有多态性。本发明既满足了寻找大量SSR分子标记的要求，又能达到低成本；SSR分子标记以其多态性高、共显性遗传、广泛分布、模板DNA需求少等优势可广泛应用于遗传多样性分析、遗传作图、QTL定位、分子标记辅助育种等。

主权项

一种开发基因组SSR分子标记的方法，其特征在于：取两个植物样本即样本A和样本B，分别对样本A和样本B进行DNA建库，得两个对应的文库A和文库B；分别对文库A和文库B采用Illumina测序技术进行测序，然后进行微组装，再从经过微组装后得到的Contigs中寻找得样本A的SSR和样本B的SSR，筛选出样本A和样本B共有SSR即染色体位置相同且重复单元相同的SSR，利用所述的共有SSR对样本A和样本B进行多态性筛选，根据样本A和样本B的SSR重复次数不同判断是否具有多态性，从而直接在数据分析的层面进行预筛选步骤，直接得到多态性的SSR，而不需要再进行繁琐的实验操作。