具有改善的噬菌体抗性的培养物

摘要

本发明提供了涉及调节细胞针对靶核酸或其转录产物的抗性的方法和组合物。在一些优选的实施方案中，本发明提供了使用一个或多个cas基因或蛋白用来调节细胞针对靶核酸或其转录产物的抗性的组合物和方法。在一些实施方案中，本发明提供了在开发和使用菌株组合和起子培养物轮换中使用的方法和组合物。在其它的实施方案中，本发明提供了用于标记和/或鉴定细菌的方法。在一些优选的实施方案中，本发明提供了使用CRISPR基因座确定噬菌体对细胞的潜在毒力和使用CRISPR-cas调整噬菌体的遗传序列以提高毒力水平的方法。在进一步的实施方案中，本发明提供了用于开发和使用噬菌体作为生物控制剂的方法和组合物。

主权项

用于产生包含至少两种噬菌体抗性变异菌株的起子培养物的方法，所述方法包括步骤： (a)使包含CRISPR基因座的至少一部分的亲代细菌菌株暴露于噬菌体，以产生包含含有经修饰的CRISPR基因座的噬菌体抗性变异菌株的细菌混合物，所述经修饰的CRISPR基因座中包含至少一个额外的间隔区； (b)使步骤(a)中包含CRISPR基因座的至少一部分的相同亲代细菌菌株独立暴露于步骤(a)中相同的噬菌体，以产生包含含有经修饰的CRISPR基因座的另一种噬菌体抗性变体菌株的细菌混合物，所述经修饰的CRISPR基因座中包含至少一个额外的间隔区； (c)从所述细菌混合物选择所述的噬菌体抗性变异菌株； (d)从步骤(c)中选出的所述噬菌体抗性菌株中选择在所述经修饰的CRISPR基因座中包含额外间隔区的所述噬菌体抗性变异菌株； (e)分离所述的噬菌体抗性变异菌株，其中所述菌株在所述经修饰的CRISPR基因座中包含额外的间隔区， 其中噬菌体抗性变异菌株中的至少一种额外的间隔区的序列不同于另一噬菌体抗性菌株中的至少一种额外的间隔区的序列。