一种在染色体上定位并显示生物基因表达信息及环境敏感区域的方法

摘要

本发明提供了一种在染色体上定位显示生物基因表达信息及环境敏感区域的方法以及系统。该方法包括：下载生物染色体基因组序列；读入相应生物样本基因表达芯片数据后经对照处理、对数处理和归一化处理，得环境条件值；将基因表达芯片数据矩阵中的基因名字与下载的生物染色体基因序列中基因名字相匹配后，将基因的环境条件值定位到生物体基因组序列中对应基因位置上；根据定位的环境条件值，得生物染色体基因组上基因表达图像以及环境敏感区域。本发明实现了表达变化的基因在染色体上的分布特征的可视化功能，可获得环境敏感区域基因的分布特征数据，为在染色体层面上分析基因表达变化敏感区域，推测环境敏感型的转录因子提供有效的帮助。

主权项

一种在染色体上定位显示生物基因表达信息及环境敏感区域的方法，包括以下步骤：(a)从NCBI公共数据库下载生物染色体基因组序列；(b)读入相应生物样本基因表达芯片数据，所述基因表达芯片数据包括来自实验环境条件下的受试组样品和对照组样品的基因组基因的绝对表达量，将同一基因在受试组和对照组中的绝对表达量相除可获得该基因的基因表达倍数比值；所述对照组为在非实验环境条件下的样品；(c)将基因表达倍数比值数据以2为底数求对数值；(d)将步骤(c)得到的所有基因表达倍数比值数据的对数值进行归一化处理得环境条件值：将对数值大于等于1的基因的环境条件值规定为1，对数值小于等于‑1的基因的环境条件值规定为‑1，对数值大于‑1小于1的基因的环境条件值与对数值相同；(e)将基因表达芯片数据矩阵中的基因名字与步骤(a)中下载的生物染色体基因序列中基因名字相匹配，匹配成功后，将步骤(d)得到的所有基因的环境条件值定位到生物体基因组序列中对应基因位置上；(f)根据定位到生物体基因组序列中对应基因位置上的环境条件值，划定实验环境条件下的基因界定条件，得生物染色体基因组上基因表达图像；其中，环境条件值为1的染色体基因的位置填充红色，表示在实验环境条件下的上调基因；环境条件值为‑1的染色体基因的位置填充蓝色，表示在实验环境条件下的下调基因；环境条件值大于‑1小于1的染色体基因位置填充白色，表示在实验环境条件下的未见异常基因，未能匹配成功的染色体基因位置填充灰色，表示在实验环境条件下的未能匹配成功基因；(g)根据染色体基因组上基因表达图像，判断环境敏感区域，所述判断环境敏感区域的标准为：同一染色体上连续三个或三个以上被标记为红色或者蓝色的区域被推测为环境敏感区域。