一种沙门氏菌CRISPR分型方法

摘要

本发明提供了一种沙门氏菌的CRISPR分型方法，通过对沙门氏菌的CRISPR1位点和CRISPR2位点之间最新间隔序列的DNA测序，以确定待检测菌株的CRISPR型别，进而可以进行血清型别的预测。所述方法简单，快速，费用低，分辨率高，与沙门氏菌血清分型结果一致性高，对实验室设备及软件要求低，且新的CRISPR型别包含有细菌进化及地域等诸多信息，并可联合荧光探针等方法实现实时快速检测，具有推广应用价值。

主权项

一种沙门氏菌的CRISPR分型方法，所述方法包括以下步骤：(1)提取待检测菌株培养物的DNA；(2)分别取适量的步骤(1)DNA提取物，进行CRISPR1位点和CRISPR2位点的PCR扩增，其中CRISPR1位点扩增的上游引物为SEQ ID NO：1，下游引物选自SEQ ID NO：2‑7中的一种；CRISPR2位点扩增的上游引物为SEQ ID NO：8，下游引物选自SEQ ID NO：9或SEQ ID NO：10；(3)分别对步骤(2)所述CRISPR1位点的扩增产物和所述CRISPR2位点的扩增产物；(4)确定CRISPR1位点序列和CRISPR2位点序列中的最新间隔序列，根据二者的间隔序列组合确定所述沙门氏菌的CRISPR型别。