Genome editing of a <i>Rosa </i>locus using zinc-finger nucleases

摘要

Disclosed herein are methods and compositions for genome editing of a Rosa locus, using fusion proteins comprising a zinc-finger protein and a cleavage domain or cleavage half-domain. Polynucleotides encoding said fusion proteins are also provided, as are cells comprising said polynucleotides and fusion proteins.

主权项

1. An isolated fusion protein comprising a nuclease domain and an engineered zinc finger DNA-binding domain, wherein the engineered zinc finger DNA-binding domain binds to a target site in a rat Rosa gene and the engineered zinc finger DNA-binding domain comprises four, five or six zinc finger DNA recognition regions designated and ordered F1 to F4, F1 to F5 or F1 to F6 from N-terminus to C-terminus and further wherein the engineered zinc finger DNA-binding domain comprises the zinc finger DNA recognition regions selected from the group consisting of:
(i) F1: DRSDLSR (SEQ ID NO:38);
F2: RSDDLTR (SEQ ID NO:39);F3: TSGHLSR (SEQ ID NO:40);F4: RSDNLSV (SEQ ID NO:41); andF5: RSANLTR (SEQ ID NO:42); (ii) F1: QSDHLTK (SEQ ID NO:43);
F2: NSSNLSR (SEQ ID NO:44);F3: RSDHLTK (SEQ ID NO:45);F4: NSDHLSR (SEQ ID NO:46); andF5: RSDHLSR (SEQ ID NO:47); (iii) F1: RSDHLSE (SEQ ID NO:48);
F2: RSAALAR (SEQ ID NO:49);F3: RSDHLST (SEQ ID NO:50);F4: QNAHRIT (SEQ ID NO:51); andF5: RSAVLSE (SEQ ID NO:52); (iv) F1: QSGDLTR (SEQ ID NO:17);
F2: TSGSLTR (SEQ ID NO: 18);F3: RSANLTR (SEQ ID NO:42);F4: RSDHLTK (SEQ ID NO:45); andF5: NSDHLSR (SEQ ID NO:46); (v) F1: RSANLTR(SEQ ID NO:42);
F2: QSGDLTR (SEQ ID NO: 17);F3: QSGDLTR (SEQ ID NO: 17);F4: RSANLAR (SEQ ID NO:53); andF5: RSDNLRE (SEQ ID NO:54); (vi) F1: RSDHLST (SEQ ID NO:50);
F2: DNRDRIK (SEQ ID NO:55);F3: RSDTLSE (SEQ ID NO:56);F4: QSSHLAR (SEQ ID NO:57); andF5: QNAHRKT (SEQ ID NO:22); (vii) F1: QSGDLTR (SEQ ID NO:17);
F2: QSGDLTR (SEQ ID NO: 17);F3: RSDNLTR (SEQ ID NO:58);F4: RSDNLSE (SEQ ID NO:21); andF5: QNAHRKT (SEQ ID NO:22); (viii) F1: DRSDLSR (SEQ ID NO:38);
F2: RSDHLST (SEQ ID NO:50);F3: DNRDRIK (SEQ ID NO:55);F4: RSDTLSE (SEQ ID NO:56); andF5: QSSHLAR (SEQ ID NO:57); (ix) F1: QSGDLTR (SEQ ID NO:17);
F2: RSDNLTR (SEQ ID NO:58);F3: RSDNLSE (SEQ ID NO:21);F4: QNAHRKT (SEQ ID NO:22);F5: RSDHLSE (SEQ ID NO:48); andF6: TSSTRKT (SEQ ID NO:59); (x) F1: TSGNLTR(SEQ ID NO:60);
F2: QSGNLAR (SEQ ID No:61);F3: RSDALSV (SEQ ID NO:62);F4: DSSHRTR (SEQ ID NO:63); andF5: RSDVLSE (SEQ ID NO:64) (xi) F1: RSDNLSE (SEQ ID NO:21);
F2: QNAHRKT (SEQ ID NO:22);F3: RSDHLSE (SEQ ID NO:48);F4: TSSTRKT (SEQ ID NO:59); andF5: TSGHLSR (SEQ ID NO:40); (xii) F1: TSGNLTR (SEQ ID NO:60);
F2: QSGNLAR (SEQ ID NO:61);F3: RSDALSV (SEQ ID NO:62); andF4: DSSHRTR (SEQ ID NO:63); (xiii) F1: QRSNLVR (SEQ ID NO:65);
F2: RSDHLTQ (SEQ ID NO:66);F3: QSGHLQR (SEQ ID NO:67); andF4: DRSHLAR (SEQ ID NO:68); (xiv) F1: RSDVLSE (SEQ ID NO:64);
F2: QRNHRTT (SEQ ID NO:69);F3: TKRSLIE (SEQ ID NO:70);F4: TSSNLSR (SEQ ID NO:71);F5: RSDDLSK (SEQ ID NO:25); andF6: DNRDRIK (SEQ ID NO:55); (xv) F1: RSDHLSA (SEQ ID NO:72);
F2: QSGHLSR (SEQ ID NO:24);F3: RSDHLSR (SEQ ID NO:47);F4: QNDNRIK (SEQ ID NO:73); andF5: QSGNLAR (SEQ ID NO:61); (xvi) F1: NNRDLIN (SEQ ID NO:74);
F2: TSSNLSR (SEQ ID NO:71);F3: RSDVLSE (SEQ ID NO:64);F4: QRNHRTT (SEQ ID NO:69);F5: TKRSLIE (SEQ ID NO:70); andF6: TSSNLSR (SEQ ID NO:71).