多聚谷氨酰胺致病机理的分析方法

摘要

本发明涉及一种多聚谷氨酰胺致病机理的分析方法，包括以下步骤，S1、选择蛋白质模型：二维整点HP模型；S2、确定能量函数；S3、搜索自由能最小的蛋白质二维构型：采用对等模式的MPI并行算法搜索能量最小的蛋白质所对应的二维结构的步骤为，本发明提供的多聚谷氨酰胺致病机理的分析方法与现有技术相比，采用在多聚谷氨酰胺蛋白质构型群体中，构型个体的温度由该个体次序所决定，通过将较高的温度分配给较差的个体，使之更有可能向较好的个体变动；同时，使用降温因子加速收敛速度，采用并行方式可加快收敛速度。

主权项

1.一种多聚谷氨酰胺致病机理的分析方法，其特征在于，包括以下步骤，S1、选择蛋白质模型：二维整点HP模型；S2、确定能量函数：$E=\underset{i<j}{\Sigma }{E}_{{\sigma }_i{\sigma }_j}\Delta (r_i-r_j)+(m-n)A.$其中，σ_i表示肽链上第i个氨基酸残基，r_i表示第i个氨基酸位置；A为一正整数；m、n为网格节点数；S3、搜索自由能最小的蛋白质二维构型：采用对等模式的MPI并行算法搜索能量最小的蛋白质所对应的二维结构的步骤为，S31、确定α,β以及T_ref的值，每个进程随机产生个体i(i＝0,…,N-1)，并计算个体的能量函数E_i，初始化记录器；S32、建立通信，确定个体的次序值r_i以及个体的温度T_i；S33、利用构型变动集进行随机变动，构建新的构型，并计算新的能量函数E_new，对t累加；S34、重复步骤S33，当迭代步数超过阈值，停止计算；否则，T_ref＝βT_ref，β为降温因子，返回步骤S32再次迭代。