基因组随机扩增序列SNP多态性及甲基化多态性的方法

摘要

本发明涉及一种基因组随机扩增序列SNP多态性及甲基化多态性的方法，是选取目标物种提取DNA后选择酶切位点进行酶切；设计连接接头、标签，合成带有选择标签的EcoR I酶切位点接头；分别用EcoR I与Msp I、EcoR I与HpaⅡ对样本进行酶切，再将带有选择标签的EcoR I酶切位点接头用T4连接酶与分别对应酶切好的基因组进行连接，同时分别连接上酶切位点接头；进行PCR扩增，选择高通量的Hiseq2000双端对PCR扩增产物进行混合测序。本发明利用现代高通量测序技术，通过对基因组进行降维，提高组装准确性，降低成本，提高分子育种效率，为现在分子育种提供一个高效、便利的SNP发现与甲基化多态性为一体的方法。

主权项

一种基因组随机扩增序列SNP多态性及甲基化多态性的方法，其特征在于，其步骤如下：1）、酶切位点选择选取目标物种，提取DNA，进行酶切，其中双酶切的6碱基酶切位点和4碱基酶切位点进行组合EcoRI和Msp I/HpaⅡ；2）、接头设计设计两套不同的连接接头：EcoR I酶切位点与MspⅠ酶切位点接头，EcoR I酶切位点与HpaⅡ酶切位点接头，其中，在EcoR I酶切位点的接头中间部分设计5个碱基的可变标签以区分不同的样品；EcoR I酶切位点接头序列:5′‑TAGCTCGTAGACACCGTCAGxxxxxG‑3′                                 和5′‑AATTCxxxxxCTGACGGTGTCTACGAGCTA‑3′；这里“xxxxx”为5个Barcode标签碱基；HpaⅡ酶切位点接头序列:5’‑CGGTGAGATGAGGCATGAC‑3’和5’‑GTCATGCCTCATCTCAC‑3’；MspⅠ酶切位点接头序列:5’‑CGGACTAATGAGGCATGAC‑3’和5’‑GTCATGCCTCATTAGTC‑3’；3）、Barcode标签设计设计96个标签，分别合成96个带有选择标签的EcoR I酶切位点接头；96个标签如下：1、TGGCT；2、GAGAT；3、GCCTT；4、CAGCT；5、TGCTT；6、ATAGG；7、TGTTG；8、CTTAG；9、GTCGT；10、AATGA；11、AACTT；12、CTCGG；13、TGTGT；14、GTAAG；15、ACGTT；16、AATCT；17、CGCGT；18、TCACA；19、CCGCA；20、CATGG；21、TAGTT；22、CTCTA；23、TCCGT；24、TATGT；25、TCGTA；26、GAATT；27、ACCGA；28、ACACG；29、GCTCA；30、CTTGA；31、TAGAG；32、ATTAT；33、GCGGA；34、CAATA；35、TCTGA；36、ACTAA；37、GGCAT；38、CTACA；39、TACCT；40、TCGCG；41、CTCAT；42、TTCCA；43、ATATT；44、GCGAG；45、TTCTG；46、GAGTG；47、CATAT；48、GTTAA；49、TAACA；50、TCTCT；51、ACCTG；52、CGGTG；53、GATTA；54、GCACT；55、ACTGG；56、ATTCA；57、TGAGA；58、GGCCA；59、GTGTT；60、CCATG；61、CCTTA；62、TTGAA；63、TGCAA；64、TCCAG；65、AAGCG；66、CGCCG；67、GGATA；68、TGTAG；69、TCCAA；70、TCATT；71、TATCA；72、GGAGG；73、CACCA；74、TGCGG；75、ATGCT；76、GTTCT；77、ATCAA；78、CCGAT；79、AATTG；80、AAGCA；81、CTTAT；82、GTAGA；83、CCTCG；84、GAACT；85、TTACT；86、ATCCG；87、CGTCA；88、CAGAA；89、ACAGT；90、GGTTG；91、GCTAT；92、ATGTG；93、GTGCG；94、TGAAT；95、CAAGT；96、GGTGT；4）、连接筛选96个目标物种样本，分别用EcoR I与Msp I、EcoR I与HpaⅡ对96个样本进行酶切，分成两组，每组96个样；再将96个带有选择标签的EcoR I酶切位点接头用T4连接酶与分别对应酶切好的基因组进行连接，同时分别连接上MspⅠ酶切位点接头、HpaⅡ酶切位点接头；设计引物：EcoR I：5’‑TAGCTCGTAGACACCGTCAG‑3’；Msp I：5’‑GTCATGCCTCATTAGTCCGG‑3’；HpaⅡ：5’‑GTCATGCCTCATCTCACCGG‑3’再进行PCR扩增，每一个样品对应一个碱基标签号；5）、测序选择高通量的Hiseq2000双端对两组96个PCR扩增产物进行混合测序。