识别蛋白质中大分子结合区域和易聚集区域的方法及其用途

摘要

本发明提供至少部分基于计算机模拟的方法和计算工具，其识别蛋白质的大分子结合区域和易聚集区域。然后可在这些易聚集区域进行替代以设计具有增强的稳定性和/或降低的聚集倾向的蛋白质。相似地，然后可在这些大分子结合区域进行替代以设计具有改变的对大分子的结合亲合力的蛋白质。

主权项

识别蛋白质上的易聚集区域的方法，包括：(a)将空间聚集倾向SAP绘制到所述蛋白质的结构模型上，所述SAP如下计算：(i)识别代表所述蛋白质的结构模型中的一个或多个原子或一个或多个氨基酸残基，其中所述一个或多个原子位于集中于特定原子上或其附近的限定空间区域内，或者所述一个或多个氨基酸残基具有集中于所述特定原子上或其附近的限定空间区域内的至少一个原子；(ii)针对所述限定空间区域中的所述一个或多个原子或一个或多个氨基酸残基，计算所述原子的溶剂可及面积SAA与完全暴露的同一残基中的原子的SAA的比；(iii)用所述一个或多个原子的原子疏水度或用通过氨基酸疏水性标度所测定的所述一个或多个氨基酸残基的疏水度乘以每个比；和(iv)对步骤(iii)的乘积求和；借此该和是针对所述特定原子的SAP；和(b)识别具有SAP>0的多个原子的所述蛋白质内的区域；其中所述易聚集区域包括包含所述多个原子的氨基酸。