椭球腔镜像模型下的生物分子动力检测方法

摘要

本发明公开了一种椭球腔镜像模型下的生物分子动力检测方法。该方法主要通过构建椭球腔混合镜像溶剂模型实现，该模型包括椭球体和截角八面体；所述截角八面体内置于所述椭球体内；所述截角八面体是一个由6个四边形和8个六边形组成的具有14个面的多面体。相比于现有的球腔镜像溶剂模型，本发明的椭球腔镜像溶剂模型结构对于对某些细长生物大分子，比如肌动蛋白和DNA，在生物大分子动力学模拟中更有效。

主权项

椭球腔镜像模型下的生物分子动力检测方法，其特征在于，包括以下步骤：S1：构建椭球腔混合镜像溶剂模型，所述椭球腔混合镜像溶剂模型包括椭球体和截角八面体；所述截角八面体内置于所述椭球体内；所述椭球体满足方程：；所述截角八面体是一个由6个四边形和8个六边形组成的具有14个面的多面体，其中其8个六边形的平面满足方程：、6个四边形平面满足方程：、、，其中，，；S2：找出截角八面体内溶剂电荷在截角八面体与椭球体之间的周期镜像；S3：找出椭球体内电荷在椭球体外的反应场镜像电荷；S4：计算源电荷与目标电荷之间的静电相互作用；所述目标电荷是指截角八面体内所有实电荷，所述源电荷是指截角八面体内所有实电荷加上截角八面体与椭球体之间的所有周期镜像电荷再加上椭球体外的所有反应场镜像电荷。