一种基于PCR的SNP分型方法及应用

摘要

本发明提供了一种基于PCR的SNP分型方法及应用，其步骤是：（1）选择用于实验的植物样品——某一物种多个品系的组织；（2）提取组织的基因组DNA；（3）将基因组DNA纯化后作为PCR扩增的模板；（4）在该物种的SNP数据库挑选AT类型的SNP；（5）筛选出SNP位点前面第三个碱基是G的SNP；（6）用primer3软件设计引物，使正向引物的最后一个碱基位于SNP位点，而且最后一个碱基为T；（7）引入错配，将正向引物的倒数第三个碱基变为A；（8）进行PCR扩增；（9）将PCR产物在变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分离；（10）观察扩增条带的有无。一种基于PCR的SNP分型方法在油菜聚合育种的应用，方法易行，提供简便，成本低，检测简便，效率高，SNP的分型成功率达到91%。

主权项

一种基于PCR的SNP分型方法，其步骤是：A、选择用于实验的植物样品的组织，植物样品为两个甘蓝型油菜品系的叶片样品：中双11号和73290；B、将步骤A获得的植物样品用液氮冷冻研磨后提取组织的基因组DNA；C、将基因组DNA纯化后作为PCR扩增的模板；D、在甘蓝型油菜的SNP数据库挑选A/T类型的SNP，该步骤中挑选的SNP是通过甘蓝型油菜两个品系：中双11号和73290，solexa重测序5X数据分析得到的SNP，SNP受reads支持的深度最低为4X；E、在步骤D的结果中筛选出SNP位点前面第三个碱基是G的SNP；F、用primer3软件设计引物，使正向引物的最后一个碱基位于SNP位点，最后一个碱基为T；该步骤中primer3软件设计引物时Tm值最小为62℃，最大为68℃，温度65℃，扩增片段长度为300到500bp之间；G、引入错配，将正向引物的倒数第三个碱基变为A；所述的正向引物为PrimerID01‑23..H、按照设计的反应条件进行PCR扩增；J、将步骤H获得的PCR产物在特定的电压条件和特定的非变性聚丙烯酰胺凝胶浓度下电泳，电泳条件为1800V电压下电泳80分钟；K、将步骤J获得的凝胶银染后观察扩增条带的有无，银染的硝酸银浓度为10μg/ml。