一种利用石英晶体微天平检测DNA甲基化的方法

摘要

本发明公开了一种利用石英晶体微天平检测DNA甲基化的方法，该方法为：一、酶切消化待检测的DNA；二、PCR扩增；三、制备固定有探针分子的QCM芯片；四、将芯片用6-巯基-1-己醇孵育；五、将芯片装入石英晶体微天平的反应器中，向反应器中通入对照物，计算频率差值ΔF；六、将芯片装入石英晶体微天平的反应器中，向反应器中通入检测物，计算频率差值ΔF′，计算ΔF′与ΔF的差值的绝对值F，当F≥30Hz时判定待检测的DNA发生甲基化。本发明采用对质量变化灵敏的QCM与传统的甲基化酶切技术相结合，可有效区分DNA的甲基化状况，在检测过程中没有毒性试剂掺杂，检测速度快，效率高，重复性良好。

主权项

一种利用石英晶体微天平检测DNA甲基化的方法，其特征在于，该方法包括以下步骤：步骤一、酶切消化待检测的DNA，使所述待检测DNA中未发生甲基化的CCGG位点被打断；步骤二、以步骤一中经酶切消化后的DNA为模板进行PCR扩增，得到终产物；步骤三、根据待检测的DNA序列采用常规方法设计DNA探针分子，然后采用常规方法对DNA探针分子进行巯基修饰，将金基底的QCM芯片用巯基修饰后的DNA探针分子溶液孵育，得到固定探针分子的QCM芯片；步骤四、将步骤三中所述固定有探针分子的QCM芯片用6‑巯基‑1‑己醇孵育；步骤五、将步骤四中孵育后的QCM芯片装入石英晶体微天平的反应器中，然后向反应器中通入DNA杂交缓冲液，待基线平稳后，读取石英晶体微天平监测到的频率F1，然后向反应器中通入对照物，待石英晶体微天平频率变化曲线平稳后读取监测到的频率F2，计算频率F1和频率F2的差值ΔF；所述DNA杂交缓冲液为磷酸钾盐与氯化钠的混合水溶液，其中磷酸钾盐为磷酸氢二钾和/或磷酸二氢钾，所述混合水溶液中钾离子的浓度为0.1M～0.5M，氯化钠的浓度为0.5M～1.5M，混合水溶液的pH值为7.0～7.4；所述对照物为不含DNA模板的PCR扩增体系和DNA杂交缓冲液以1∶5～10的体积比混合而成；步骤六、将步骤四中孵育后的QCM芯片装入石英晶体微天平的反应器中，然后向反应器中通入DNA杂交缓冲液，待基线平稳后，读取石英晶体微天平监测到的频率F1′，然后向反应器中通入检测物，待石英晶体微天平频率变化曲线平稳后读取监测到的频率F2′，计算频率F1′和频率F2′的差值ΔF′，最后计算ΔF′和步骤五中ΔF的差值的绝对值F，当F≥30Hz 时判定待检测的DNA发生甲基化；所述DNA杂交缓冲液为磷酸钾盐与氯化钠的混合水溶液，其中磷酸钾盐为磷酸氢二钾和/或磷酸二氢钾，所述混合水溶液中钾离子的浓度为0.1M～0.5M，氯化钠的浓度为0.5M～1.5M，混合水溶液的pH值为7.0～7.4；所述检测物为PCR扩增终产物、DEPC水和DNA杂交缓冲液以1∶2～5∶3～5的体积比混合而成。