一种HPV检测及分型方法

摘要

本发明公开了一种HPV检测及分型方法，包括步骤：用HPV裂解液对生物样品中的HPV进行裂解，分离提取核酸；用SEQ ID No.1～SEQ ID No.4特异性引物从上述步骤所得核酸中扩增HPVL1核酸片段；对获得的HPVL1核酸片段进行焦磷酸测序反应，焦磷酸测序引物选自SEQ ID No.5～SEQ ID No.31任意一种或几种；将焦磷酸测序读出的序列与HPV型别序列进行比对，判断HPV分型结果。本发明利用DNA条码技术和焦磷酸测序技术，对生物样本中的HPV进行检测、分型，可用于评估生殖道癌症及相关疾病的发生发展并对其进行预后指导。本发明操作简便、通量高、特异性好、灵敏度高、准确性较高、检测速度快、检测成本低，具有广阔的应用前景。

主权项

一种用于HPV检测及分型的引物，所述引物包括从样本核酸中扩增HPVL1核酸片段的特异性引物和对获得的HPVL1核酸片段进行焦磷酸测序的引物，其特征在于，从样本核酸中扩增HPVL1核酸片段的特异性引物为：G1: 5’‑CARGGACATAAYAATGGYATTTGCTG‑3’ （SEQ ID No.1）G2: 5’‑CARGGACATAAYAATGGYATTTGTTG‑3’  （SEQ ID No. 2）G3: 5’‑GAAAAAYAAACTGYAAATCATAYTCCTC‑3’ （SEQ ID No.3）G4: 5’‑GAAAAAYAAACTGYAAATCATAYTCTTC‑3’ （SEQ ID No.4）其中G3/G4为生物素标记引物；对获得的HPVL1核酸片段进行焦磷酸测序的引物的序列为：HPV6s:5’‑AACTACATCTTCCACATACAC‑3’  （SEQ ID No.5）HPV11s:5’‑GTCTAAATCTGCTACATACAC‑3’  （SEQ ID No.6）HPV16s: 5’‑ATTATGTGCTGCCATATCTACTT‑3’  （SEQ ID No.7）                           HPV18s: 5’‑ACAGTCTCCTGTACCTGGG‑3’ （SEQ ID No.8）HPV31s: 5’‑CCAATATGTCTGTTTGTGCTGC‑3’ （SEQ ID No. 9）HPV33s:5’‑GTACTAATATGACTTTATGC‑3’  （SEQ ID No.10） HPV35s: 5’‑GTGTTCTGCTGTGTCTTCTAGT‑3’ （SEQ ID No.11）HPV39s: 5’‑TATAGAGTCTTCCATACCT‑3’ （SEQ ID No.12）HPV40s:5’‑CCCCACACCAACCCCATATAA‑3’ （SEQ ID No.13）HPV42s:5’‑CATGACTTTGTGTGCCACTG‑3’ （SEQ ID No.14）HPV43s:5’‑CGTTATGTGCCTCTACTGACC‑3’ （SEQ ID No.15）HPV44s:5’‑CTACACAGTCCCCTCC‑3’ （SEQ ID No.16）HPV45s:5’‑CTCTACACAAAATCCTGTG‑3’ （SEQ ID No.17）HPV51s:5’‑CTGCTGCGGTTTCC‑3’（SEQ ID No.18）HPV52s: 5’‑TTTATGTGCTGAGGTTAAAAAG‑3’ （SEQ ID No.19）HPV53s:5’‑CGCAACCACACAGTCTATG‑3’ （SEQ ID No.20）HPV54s: 5’‑ACAGCATCCACGCAGG‑3’ （SEQ ID No.21）HPV56s:5’‑CAGAACAGTTAAGTAAATATGAT‑3’ （SEQ ID No.22）HPV58s:5’‑CACTGAAGTAACTAAGG‑3’ （SEQ ID No.23）HPV59s: 5’‑TTCTACTACTTCTTCTATTCCTAA‑3’  （SEQ ID No.24）                          HPV66s:5’‑TAATGCAGCTAAAAGC‑3’  （SEQ ID No.25）HPV68as: 5’‑TTTGTCTACTACTACTGAATCA‑3’   （SEQ ID No.26）HPV70s: 5’‑AACGGCCATACCTGCTGTATAT‑3’   （SEQ ID No.27）                           HPV73s:5’‑TAGGTACACAGGCTAGTAG‑3’ （SEQ ID No.28）HPV83s:5’‑GCTACACAGGCTAATGAATACACA‑3’ （SEQ ID No.29）HPVmm4s:5’‑CACTGCTGTTACTCAATCTG‑3’  （SEQ ID No.30）HPVCP8304s:5’‑GCTACATCTGCTGCT‑3’      （SEQ ID No.31）。