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Die Erfindung betrifft die Analyse von komplexen Proteingemischen wie beispielsweise ganzen Proteomen durch gemeinsamen enzymatischen Verdau, nachfolgende flüssigkeitschromatographische Trennung und massenspektrometrische Analyse der Verdaupeptide. Die Erfindung besteht darin, die durch Flüssigkeitschromatographie (HPLC) oder andere Trennverfahren getrennten Verdaupeptide eines komplexen Proteingemischs mit einer Ionisierung, die wie Elektrosprühen (ESI) mehrfach geladene Ionen erzeugt, einem besonderen massenspektrometrischen Analysenverfahren in einem Massenspektrometer mit einer HF-Ionenfalle zu unterziehen. Es werden nach Befüllung der HF-Ionenfalle jeweils die Ionen eines Isolationsmassenfensters mit einer Mindestbreite von &Dgr;(m/z) = 30 atomaren Masseneinheiten isoliert, durch Protonentransfer-Reaktionen (PTR) oder durch Elektronentransfer-Reaktionen in ihrem Ladungszustand verringert und so aus dem Isolationsmassenfenster herausgeschoben. Die ladungsverminderten Ionen werden nach Entleerung des Isolationsmassenfensters höchst empfindlich gemessen. Durch mehrfache zyklische Wiederholung mit aneinander gereihten Isolationsmassenfenstern innerhalb des zeitlichen Verlaufs der HPLC-Peaks gelingt es, in einem einzigen HPLC-Durchlauf die Massen m, die vorherrschenden Ladungszustände z, die Retentionszeiten t und die Intensitäten i fast aller Verdaupeptide eines komplexen Proteoms zu bestimmen, wobei die meisten weit unterhalb der Nachweisgrenze für Verdaupeptide in primären Massenspektren liegen. Von diesen Verdaupeptiden können in wenigen nachfolgenden HPLC-Läufen gezielt Tochterionenspektren aufgenommen werden. Dieses Verfahren findet ein Vielfaches der Anzahl von Proteinen, die durch bislang verwendete Verfahren gefunden werden.
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