人类白细胞抗原HLA-Cw基因测序分型的方法

摘要

一种人类白细胞抗原HLA-Cw基因测序分型的方法，它包括a、通过两对PCR扩增引物对分型目的区域进行PCR扩增，其中，第一对扩增引物包含从第1外显子到第4外显子的序列，第二对扩增引物包含从第5外显子到第8外显子的序列；b、通过十二条正向和反向测序引物对扩增产物进行测序反应，其中，分别对HLA-Cw基因的第1、2、3、4、5外显子进行正、反向双向测序，对第6外显子进行正向测序和第7外显子进行反向测序。本发明基于HLA-Cw基因全长序列和单核苷酸多态性数据而创建，解决了AlleleSEQR HLA-Cw plus试剂盒对人群检测出现的Cw*0706等位基因漏检以及测序分型中出现的模棱两可的结果问题。该方法适合于人群HLA-Cw基因的高分辨水平基因分型，有利于HLA-Cw基因的各种应用和基础研究工作。

主权项

一种人类白细胞抗原HLA‑Cw基因测序分型的方法，其特征在于，该方法包括：a、首先由两对PCR扩增引物对分型目的区域进行PCR扩增，其中，第一对PCR引物扩增第1外显子到第4外显子的序列，第二对PCR引物扩增第5外显子到第8外显子的序列，所述第1至第4外显子的PCR扩增引物包括上游引物C‑SBT‑F1和下游引物C‑SBT‑R1，其中，上游引物C‑SBT‑F1的序列为：5'‑CCA ATC AGC GTC TCC GCA GTC‑3'，下游引物C‑SBT‑R1的序列为：5'‑ACC CCY CAT YCC CCT CCT TAC‑3'；第5至第8外显子的PCR扩增引物包括上游引物C‑SBT‑F2和下游引物C‑SBT‑R2，其中，上游引物C‑SBT‑F2的序列为：5'‑ TTM TCA GRG AAA GCA GAA GTC‑3'，下游引物C‑SBT‑R2的序列为：5'‑ AAT CCT GCA TCT CAG TCC CAC‑3'；b、通过十二条正向和反向测序引物对扩增产物进行测序反应，其中，分别对HLA‑Cw基因的第1、2、3、4、5外显子进行正、反向双向测序，对第 6外显子进行正向测序和第7外显子进行反向测序，所述测序引物包括：第一外显子正向测序引物C1F，其序列为: 5’‑GTTCTRAAGTCCCCAGTC‑3’，第一外显子反向测序引物C1R，其序列为: 5’‑GAAATACYTCATGGAGTG‑3’ ；第二外显子正向测序引物C2F，其序列为：5'‑GGGTCTCAGCCMCTCCTC‑3'，第二外显子反向测序引物C2R，其序列为：5'‑GCC GTC CGT GGG GGA TG‑3'；第三外显子正向测序引物C3F，其序列为：5'‑GCCCCAGTCRCCTTTAC‑3'，第三外显子反向测序引物C3R，其序列为：5'‑TTCCTCCCCTCCTCGTG‑3'；第四外显子正向测序引物C4F，其序列为：5'‑TTCTCAGGATGGTCACATG‑3'，第四外显子反向测序引物C4R，其序列为：5'‑CCYCATYCCCCTCCTTAC‑3'；第五外显子正向测序引物C5F，其序列为：GTCAGGGCTGAGGCTTG，第五外显子反向测序引物C5R，其序列为：GATGGTGCTTCCAGTAAC；第六外显子正向测序引物C6F，其序列为：TCCAAGACTAGGAGGTTC，第七外显子反向测序引物C7R，其序列为：CAGGTCAGTCATGGTAAG。