基于茎区的核糖核酸二级结构的预测方法及装置

摘要

本发明公开了基于茎区的RNA二级结构的预测方法及装置。该预测方法包括：定义碱基对数据、茎区数据和祖先茎区数据；输入RNA序列；在所输入的RNA序列中进行查找，确定各种碱基对的第一分量在所输入的RNA序列所处的第一位置，并将第一位置存储在碱基对数据中；在所输入的RNA序列中进行查找，确定各种碱基对的第二分量在所输入的RNA序列所处的第二位置，并将第二位置存储在碱基对数据中；搜索在碱基对数据中的各元素的第一分量和第二分量之间的RNA序列中的所有茎区，将与所搜索到的与各茎区相对应的有关信息存储在茎区数据中，将与所搜索到的各祖先茎区有关的信息存储在祖先茎区数据中；根据茎区数据和祖先茎区数据确定最大茎区。本发明能降低时间与空间复杂度，提高查全率和查准率。

主权项

一种基于茎区的核糖核酸二级结构的预测方法，其特征在于，包括：初始化步骤，定义碱基对数据、茎区数据和祖先茎区数据；输入步骤，输入核糖核酸序列；第一分量查找步骤，在所输入的核糖核酸序列中进行查找，以确定各种碱基对的第一分量在所输入的核糖核酸序列所处的第一位置，并将所确定的所述第一位置分别存储在所述碱基对数据中与各种碱基对相对应的元素的第一分量中；第二分量查找步骤，在所输入的核糖核酸序列中进行查找，以确定各种碱基对的第二分量在所输入的核糖核酸序列所处的第二位置，并将所确定的所述第二位置分别存储在所述碱基对数据中与各种碱基对相对应的元素的第二分量中；茎区搜索步骤，搜索在所述碱基对数据的各元素的第一分量和第二分量之间的核糖核酸序列中的所有茎区，将与所搜索到的与各茎区相对应的有关信息分别存储在所述茎区数据的各元素中，将与所搜索到的各祖先茎区有关的信息分别存储在所述祖先茎区数据的各元素中，其中所述所有茎区包含所搜索到的茎区的子茎区；最大茎区确定步骤，根据所述茎区数据和所述祖先茎区数据来确定在所输入的核糖核酸序列中的最大茎区。