一种检测肠炎致病菌的方法

摘要

本发明涉及一种检测细菌的方法，特别是检测肠炎致病菌的方法。所述方法包括：1)提取一个或多个细菌样本DNA；2)利用细菌16S rDNA的引物扩增样本16S rDNA全长；3)将扩增后的PCR产物进行打断；4)对来自每个细菌样本的打断后产物进行末端修复并在其3’端连接脱氧腺苷，然后连接不同的PCR-free接头；5)将以上的连接产物利用二代测序技术进行测序获得其序列；并且6)通过与已有的所有细菌的16S rDNA参考序列比对，确定每个样本中存在的细菌种类。

主权项

一种检测细菌的方法，包括：1)提取一个或多个细菌样本DNA；2)利用细菌16S rDNA的引物扩增样本16S rDNA全长，其中所述引物优选是：16SF：AGAGTTTGATCMTGGCTCAG，16SR：TACGGYTACCTTGTTACGACTT；3)将扩增后的PCR产物进行打断，打断方式包括物理打断和/或化学打断(优选用带AFA纤维扣盖的Covaris微管在Covaris S2DNA打断仪(Covaris公司)上打断)；4)对来自每个细菌样本的打断后产物进行末端修复并在其3’端连接脱氧腺苷，然后连接不同的PCR‑free接头；5)将以上的连接产物利用二代测序技术进行测序获得其序列，所述二代测序技术优选Illumina GA或Roche454；更优选Illumina Hiseq2000，其中测序方式可以采用Single End或Pair‑End；并且6)通过与已有的所有细菌的16S rDNA参考序列比对，确定每个样本中存在的细菌种类。