一种鉴定顺式和反式调控作用的方法和系统

摘要

本发明公开一种鉴定顺式和反式调控作用的方法和系统。该方法包括：选择两个亲本及其杂交分离子代群体进行重测序，将测序得到的片段比对到参考基因组上确定有效SNP位点；通过滑动窗口方法构建SNP-block图，以确定子代染色体的亲本来源；对两个亲本及其杂交分离子代群体进行表达谱测序，确定具有显著性差异的基因；根据基因在两个亲本和杂交分离子代群中表达量的差异情况结合SNP信息确定顺式和反式调控作用。本发明提供的方法和系统，应用新一代测序技术，通过重测序和表达谱测序相结合的方法，在全基因组水平鉴定顺式和反式调控作用。与传统技术方案相比，在SNP检测水平，基因表达量检测的准确性和敏感性方面都有了很高的提升。

主权项

一种鉴定顺式和反式调控作用的方法，其特征在于，包括：选择两个亲本及其杂交分离子代群体进行重测序，将测序得到的序列片段比对到参考基因组上确定有效单核苷酸多态性SNP位点；对于每个子代，通过滑动窗口方法构建SNP‑block图，以确定子代染色体的片段的亲本来源；对两个亲本及其杂交分离子代群体进行表达谱测序，确定具有显著性差异的基因；根据基因在两个亲本和杂交分离子代群中表达量的差异情况结合SNP信息确定顺式和反式调控作用。