一种蛋白激酶磷酸化特异位点计算识别方法

摘要

本发明公开了一种蛋白激酶磷酸化特异位点计算识别方法，其特征是：a)基于主成分分析方法，建立一种新的蛋白质序列结构表征方法-氨基酸三维性质得分；b)用氨基酸三维性质得分表征蛋白激酶磷酸化特异位点的结构特征；c)用费歇尔准则得分方法挑选与蛋白激酶磷酸化特异位点特征密切相关的参数；d)以径向基核支持向量机建立蛋白激酶磷酸化特异位点识别模型，分别以自取代检验，留1/10法交互检验以及外部检验验证方法的预测能力。该发明方法可用于蛋白激酶磷酸化特异位点识别，可为探索生理和病理状态下蛋白质磷酸化规律，进一步阐述生命本质和疾病发生机制及研发新药提供重要支持。

主权项

一种蛋白激酶磷酸化特异位点计算识别方法，其特征在于包括如下步骤：a)具体包括a1)精选20种天然氨基酸的629种三维性质参数；a2)对629种性质参数做主成分分析，得到12个主成分；a3)计算各主成分得分，建立氨基酸三维性质得分；b)用氨基酸三维性质得分表征蛋白激酶磷酸化特异位点的结构特征，其中的每个氨基酸用12个氨基酸三维性质得分表征；c)用费歇尔准则得分方法挑选与蛋白激酶磷酸化特异位点特征密切相关的性质参数，并作为模型的输入变量；d)用径向基核支持向量机建立蛋白激酶磷酸化特异位点识别模型，以自取代检验，留1/10法交互检验以及外部检验验证模型的预测能力，将每个样本的输入变量带入模型并识别蛋白激酶磷酸化特异位点。