用于评估蛋白复合体之间的相互作用的方法和设备

摘要

本发明提供了用于评估蛋白复合体之间的相互作用的方法和设备。在相互作用评估设备中，亚单位形成单元使用复合体对信息作为输入信息并查询家族DB，以得到复合体对信息的亚单位。GODB是存储与蛋白质属性有关的信息的数据库。学单元使用亚单位复合体对信息作为输入信息并查询GODB，以输出预测规则集。执行单元使用从预测目标生成单元获得的预测目标数据作为输入信息并查询预测规则集，以计算执行结果，即，作为对亚单位对的相互作用属性的有效性评估的属性得分。

主权项

1、一种对蛋白复合体之间的相互作用进行评估的方法，该方法包括以下步骤：亚单位提取步骤，其从表示包括其间具有相互作用的一对蛋白复合体的蛋白复合体对的一组成对信息中，提取由在形成所述蛋白复合体的多个蛋白质中的具有类似性质的多个蛋白质构成的亚单位；确定步骤，其确定所述亚单位中包括的蛋白质的蛋白质属性信息是否存在于标识蛋白质属性的一组蛋白质属性信息中；创建步骤，其通过对与在所述确定步骤处确定的蛋白质属性信息的存在或不存在有关的信息进行聚合，创建标识针对每一条所述蛋白质属性信息的亚单位的属性的亚单位属性信息；生成步骤，其生成包括与所述亚单位属性信息的存在或不存在有关的信息和标识针对每一条所述复合体对信息的所述相互作用的相互作用属性信息的学习数据，以覆盖由引起所述相互作用的蛋白复合体中的亚单位和接收所述相互作用的蛋白复合体中的亚单位的组合所形成的所有亚单位对；以及预测规则提取步骤，其从将所述亚单位属性信息定义为条件并将所述相互作用属性信息定义为结论的多个规则构成的规则集中，提取应用于预测目标复合体对信息的预测规则，所述预测目标复合体对信息表示这样的预测目标蛋白复合体对，即，该预测目标蛋白复合体对中的受所述相互作用影响的亚单位对是未知的，或者该预测目标蛋白复合体对的相互作用是未知的，所述多个规则是从所述学习数据的集合中获得的。