一种定量分析RNA结构稳健性的进化的方法

摘要

本发明涉及一种计算机程序，更具体地，是一种定量分析RNA结构稳健性的进化的方法。本发明旨在提供一种能简单、方便、快捷地度量RNA结构稳健性的进化的定量化分析方法，解决稳健性进化评估难、定量难的问题，达到分析生物稳健性的起源及其进化的目的，由此而提高对生物进化的理解。为了达到上述目的，本发明以RNA二级结构为研究平台，在计算机系统中提供了一种定量分析RNA结构稳健性的进化的方法，该方法包括检查从计算机终端输入的RNA序列的合法性、产生对照序列、计算RNA结构稳健性，定量分析RNA结构稳健性的进化的步骤。

主权项

1.一种定量分析RNA结构稳健性的进化的方法，其特征在于所述的方法包括下列步骤：1)接收来自计算机终端输入的长度为l的RNA序列，判别该序列的合法性；2)选择置乱方法，在每个海明距离上生成相应的对照序列；3)采用中性值作为RNA结构稳健性的定量分析指标，中性值的定义为$\gamma =\frac{1}{3\times l}\underset{i=1}{\overset{3\times l}{\Sigma }}\frac{l-d_i}{l},$其中，d_i，i＝1，2，...，3×l为RNA序列与其第i个突变体序列之间的结构距离，l为RNA序列的长度，计算输入的RNA序列的中性值γ及其每个海明距离上的对照序列的中性值其中N为在每个海明距离上产生的对照序列的数目，l为输入的RNA序列的长度；4)沿着输入的RNA序列的海明距离，计算每个海明距离上相应的p-value值，并由此给出RNA结构稳健性随海明距离变化的曲线，得到RNA结构稳健性的进化的定量分析结果，在海明距离j上，p-value值定义为$p^j=\frac{M}{N+1},$其中，M表示集合中，比输入的RNA序列更稳健的序列的数目，即集合中比γ的值更大的中性值的数目。