主权项 |
1.一种构建红树林土壤大片段宏基因组文库的方法,其特征在于包括以下步骤:1)选定菌株、克隆载体和培养基:菌株为大肠杆菌Escherichia coli EPI-100,克隆载体为pWEBTM,培养基为LB肉汤及LB琼脂,均添加氨苄西林,培养温度为37℃;2)提取红树林土壤eDNA:称取3~6份土壤样品,分别置于离心管中,每管加入DNA提取缓冲液,漩涡至土壤颗粒分散于缓冲液中,将土壤样品振摇至土壤匀质化,每管加入十二烷基磺酸纳,混匀,55~65℃水浴,加入氯仿/异戊醇溶液抽提,离心,收集上清,在上清中加入异丙醇,沉淀,离心,收集沉淀得红树林土壤eDNA;3)红树林土壤eDNA的处理:通过脉冲场电泳选择适合构建大片段文库的eDNA片段,采用电洗脱回收、纯化,得35~45kb的红树林土壤eDNA片段;4)红树林土壤eDNA末端补平:将35~45kb的红树林土壤eDNA片段进行末端补平反应,在冰上依次加入末端补平反应体系各组分,室温下孵育,70℃下灭活末端补平酶;5)末端补平物与载体连接:将末端补平的红树林土壤eDNA连接到pWEBTM载体,在冰上依次加入连接反应体系各组分,室温下孵育,70℃下灭活连接酶,得cosmid DNA连接物;6)连接产物体外包装:将cosmid DNA连接物用MaxPlax Lambda Packaging Extracts进行体外包装反应,反应条件为:30℃,90min,反应结束后,再次加入MaxPlax Lambda PackagingExtracts,30℃,继续孵育90min,然后加入噬菌体稀释液,混匀,加入氯仿,混匀后得包装好的cosmids,保存于4℃;7)包装产物的效价测定:用包装好的cosmids感染宿主细胞Escherichia coli EPI-100,37℃孵育,将感染后的宿主细胞涂布于已添加氨苄西林LB琼脂平板,37℃,过夜培养,所有生长出的菌落均为阳性克隆子,计算克隆子数目,得红树林土壤大片段宏基因组文库;8)克隆子插入片段的验证:随机挑取至少10个LB-氨苄西林平板上的菌落,接种于LB-氨苄西林肉汤,37℃下培养,提取克隆子质粒,用BamHI限制性内切酶(TaKaRa)酶切,计算文库插入片段的大小;9)阳性克隆子的保存:将所有的阳性克隆子接种于细胞培养板,每孔含LB肉汤、氨苄西林和甘油,待克隆子长好后,将细胞培养板复制一份,均保存于-80℃。 |