La invención se refiere a un procedimiento simplificado para la extracción de heparina del tejido de la mucosa animal. el procedimiento consta de una etapa de hidrólisis enzimática de la materia prima a temperatura ambiente, seguida de una hidrólisis que dura hasta 6 horas a una temperatura comprendida entre 50 y 75{sup,0}C. La elevación de temperaturas se obtiene de manera fácil. La mezcla de la digestión puede además incubarse mientras se enfría a temperatura ambiente. La heparina se recupera de un intercambiador aniónico presente en el hidrolizado de las proteínas.