复杂DNA甲基化指纹的制备方法

摘要

本发明涉及一种用于组织和细胞型的表征、分类和鉴别，对组织和细胞群行为的预测，并用于对具有改变表达的基因的鉴定的方法。该方法，其特征在于：在从任何组织样品中获取的基因组DNA中，碱基胞嘧啶(而不是5-甲基胞嘧啶)经亚硫酸氢盐溶液处理转化为尿嘧啶。利用极短的或简并寡核苷酸扩增这样处理的基因组DNA的部分。通过杂交或聚合酶反应检测扩增片段的剩余胞嘧啶。该分析所产生的、可自动适用于处理算法的数据的量可用于得出关于所分析细胞物质的表型的结论。

主权项

1.组织和细胞型的表征、分类和鉴别方法，用于对组织和细胞群行为的预测，并用于对具有改变表达的基因的鉴定，其特征在于：在从任一组织样品中获得的、未受处理、经受剪切或通过限制性内切核酸酶切割的基因组DNA中，将碱基胞嘧啶而不是5-甲基胞嘧啶经亚硫酸氢盐溶液处理转化为尿嘧啶，利用极短寡核苷酸或简并性寡核苷酸或互补于连接体寡核苷酸的寡核苷酸，扩增这样处理的基因组DNA的级分，其中极短寡核苷如此短以致于超过100个不同片段得到扩增，其中简并性寡核苷酸含有如此多的简并位置，使得扩增中超过100个不同片段得到扩增，其中连接体寡核苷酸在亚硫酸氢盐处理之前已与切割或剪切的基因组DNA的末端连接，得自扩增级分的富含鸟嘌呤DNA链上剩余的胞嘧啶，和/或得自扩增级分的富含胞嘧啶DNA链上的鸟嘌呤的量通过杂交或聚合酶反应检测，藉此实现其表征、分类和鉴别。