从三维结构数据库检索新的配位化合物的方法

摘要

三维结构数据库检索对生物高分子配位化合物的方法，该方法包括以下的工序，(1)对于2种以上的试验化合物的三维坐标给予氢键性质编号、分子力场计算用的信息及作成构象用的信息的第1工序；(2)从生物高分子的三维坐标，准备配位体结合区域的物理化学的信息及空位原子的第2工序；(3)对于第1工序准备的试验化合物的三维坐标给予氢键性质编号、分子力场计算用的信息及制作构象用的信息、以及以第2工序准备的配位体结合区域的物理化学的信息为基础，在不断变化试验化合物的构象条件下，使生物高分子和试验化合物对接作成复合体的结构，通过评价生物高分子和试验化合物分子间的相互作用探索上述复合体的最稳定的结构的第3工序；(4)根据第3工序探索的最稳定复合体结构时的生物高分子和试验化合物的相互作用能量值，判断是否将该试验化合物选择为配位候补化合物的第4工序;(5)对于所有的试验化合物重复第3工序及第4工序操作的第5工序。

主权项

1.一种从包含三维坐标信息的化合物数据库选择至少一种配位体候补化合物的方法，所述数据库包含任选构象中的至少两个数据库登记项目的三维坐标信息，所述配位体候补化合物适于与目标生物聚合物键合，该方法包括：(1)在目标生物聚合物与试验化合物之间评估一种最稳定的对接结构，所述试验化合物是以至少两种登记项目中的每一个项目作为试验化合物，其中，所述评估包括进行自动化检索；以及，(2)根据最稳定的对接结构确定所述试验化合物是否是一个候补化合物。