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Gene, die polygen vererbte Merkmale steuern, sind im Gegensatz zu den Verursachergenen von monogen vererbten Merkmalen nicht wirklich effektiv mit Hilfe der kopplungsstrategie zu identifizieren und zu isolieren. Dieses Verfahren ist zu teuer, zu ungenau und man benötigt zu viele Testindividuen. Das 1993 zum ersten Male beschriebene Prinzip des Genomic Mismatch Scanning (GMS) wird als eine Alternative angesehen, die all diese Nachteile nicht aufweist. Teil dieses GMS-Protokolls ist ein Selektionsschritt, der vom Prinzip her nur die Isolierung von Sequenzen gestattet, die ein bestimmtes Muster tragen (Methylierung). Ein anderer enzymatischer Schritt der Prozedur sehr unspezifisch (Enzym-Komplex Mut S, H, L). Diese und einige andere Zwischenschritte führen zu einer extrem niedrigen Ausbeute, die das nötige Weiterverarbeiten der Isolationsprodukte vor allem in Zusammenhang mit den schwierigen polygenen Merkmalen ungeheuer erschwert. Durch einen frühen Klonierungsschritt machen wir uns bei der Gewinnung das DNA-Fragment mengenunabhängig und ersetzen die Methylierung. Ersatz des Mut S, H, L-Komplexes durch ein Pflanzenenzym bewirkt eine weitaus höhere Spezifität des Verfahrens.
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