| 摘要 |
Die Erfindung betrifft ein Verfahren zum Nachweis und/oder Quantifizieren einer Ziel-Nukleinsäure in einer Polymerase-Kettenreaktion (PCR)-Probe, umfassend
- eine Ziel-Nukleinsäure mit einer zu amplifizierenden Nukleinsäure-Zielsequenz,
- eine thermostabile (DNA)-Polymerase,
- Desoxynucleosidtriphosphate (dNTPs),
- wenigstens ein zu der zu amplifizierenden Nukleinsäure-Zielsequenz komplementäres Oligonukleotid-Primerpaar, dessen Primer unter PCR-Bedingungen an den zu amplifizierenden Bereich der Nukleinsäure-Zielsequenz hybridisieren, wobei zunächst mehrere Amplifikationszyklen einer Polymerase-Kettenreaktion mit der PCR-Probe durchgeführt werden, wodurch Schmelzkurven erhalten werden, aus denen Signale generiert und einer Schmelzkurvenanalyse unterzogen werden, bei der:
- die Kurvenpunkte einer Schmelzkurve eingelesen und für jeden Kurvenpunkt die negative Steigung berechnet werden,
- die Schmelzkurven in ihre Spektralkomponenten zerlegt und die im Signal enthaltenen Frequenzanteile mittels Fourieranalyse für eine Merkmalsextraktion ermittelt werden,
- die extrahierten Merkmale einer Schmelzkurve mittels maschineller Lernverfahren unter Einsatz von Klassifikatoren analysiert und in Klassen eingeteilt werden,
- eine mathematische Optimierungsmethode angewendet wird, um eine Population von selektierbaren Lösungskandidaten zu generieren, mit der die Erkennung der Kurven in einer Testmenge verbessert wird, wobei über das dadurch erhaltene Ergebnis der Schmelzkurvenanalyse das Vorkommen und/oder die Menge der nachzuweisenden Ziel-Nukleinsäure in der Probe ermittelbar ist. |
