利用解链温度和通用碱基的突变分析

摘要

本发明描述了用于确定基因组基因座中存在或不存在突变体等位基因的方法和寡核苷酸探针。所述探针以不同的解链温度(Tm)结合靶序列的不同等位基因。所述方法确定所述探针与靶序列杂交时的Tm，从而确定在所述靶序列中存在或不存在变体核酸，如突变体等位基因。在靶序列中可能存在不感兴趣的变体，例如，表型沉默的突变。为了确保这些变体不影响探针的Tm，所述探针包含发生此类不感兴趣的变体的通用碱基位点。

主权项

一种用于检测多态性靶核酸序列中存在变体核酸序列的方法，所述靶序列存在于给定群体内的多个等位基因中，所述方法包括：a)提供包含寡核苷酸探针和靶核酸序列的反应混合物，所述寡核苷酸探针在与所述靶序列的第一等位基因杂交时具有第一解链温度(Tm)，并且在与所述靶序列的第二等位基因杂交时具有第二较低的Tm，其中所述探针在不希望检测到变体的位点包含至少一个通用碱基；b)允许所述探针与靶核酸序列杂交；并且c)当所述探针与所述靶核酸序列杂交时，确定所述探针的Tm；由此确定是否存在变体核酸序列。