一种开发黄姑鱼SSR分子标记用于种群鉴定方法

摘要

本发明公开了一种开发黄姑鱼SSR分子标记用于种群鉴定方法，包括以下步骤：使用多个个体的黄姑鱼混合组织提取RNA，进行RNA测序，拼接获得黄姑鱼表达基因序列，利用生物信息学方法获得潜在的SSR标记；利用SSR侧翼序列设计引物，从随机样品中使用鱼鳍提取基因组DNA，筛选SSR引物；用每一对SSR引物对不同黄姑鱼DNA模板进行PCR扩增，对扩增产物使用Qsep100全自动核酸分析系统进行毛细管电泳检测，从中筛选出扩增结果有差异的引物，利用PopGene计算等位基因组成及其频率，对黄姑鱼群体关系和遗传结构进行分析。本发明提供的鉴定黄姑鱼群体验证的SSR分子标记方法稳定可靠，不受年龄，性别和生长季节的影响，为黄姑鱼群体分析，品种鉴定、选育和评价提供了科学依据。

主权项

一种开发黄姑鱼SSR分子标记用于种群鉴定方法， 其特征在于，包括以下步骤：（1）通过提取不同发育阶段的混合组织样本，进行RNA建库测序，获得黄姑鱼的基因表达序列数据；（2）对转录组序列利用MISA软件挖掘其中的SSR标记，选择部分SSR标记针对其测翼序列设计引物，用于后续实验验证和筛选；（3）使用黄姑鱼鱼鳍提取基因组DNA，用每一对 SSR 引物对不同黄姑鱼个体的基因组DNA 模板进行 PCR 扩增，对扩增产物进行毛细管电泳检测，从中筛选出扩增结果有差异的引物， 用于黄姑鱼的群体的多样性研究；（4）利用所筛选的 SSR 引物对所鉴定黄姑鱼的基因组 DNA 进行遗传参数的分析，计算各个SSR 座位上的等位基因组成，基因杂合度和多态信息含量；（5） 根据SSR标记的多态性，选取等位多态信息含量高的位点作为后续的研究黄姑鱼群体的研究；选取多个不同地区的人工养殖种群和野生种群，分析其中各个SSR位点的等位基因频率分布，利用 PopGene 软件对所鉴定黄姑鱼品种与对照品种进行聚类，分析种群间的遗传距离。