ＤＮＡ混合物中之组织甲基化模式分析

摘要

明关于使用特定基因组位点之甲基化程度判定不同组织对DNA混合物之贡献(contributions)。可使用M个组织类型之组织特异性甲基化程度将该DNA混合物中测得之混合物甲基化程度解卷积(deconvolve)以判定该等M个组织类型之各分率贡献。可选择各种类型基因组位点以具有跨组织类型及跨个体之特定性质，以在判定各种组织类型之贡献中提供增高准确度。可使用该等分率贡献以侦测特定组织之异常贡献，指示该组织之疾病状态。亦可使用不同尺寸DNA片段之分率贡献之差别来识别特定组织之疾病状态。可侦测特定组织中特定染色体区域之序列失衡，例如识别肿瘤之位置。

主权项

一种分析生物之生物样本之方法，该生物样本包含复数个组织类型(包含第一组织类型)之无细胞DNA分子之混合物，该方法包括：藉由电脑系统分析该生物样本之复数个无细胞DNA分子，该等复数个无细胞DNA分子系至少1,000个无细胞DNA分子，其中分析无细胞DNA分子包含：识别该无细胞DNA分子在对应于该生物之参考基因组中之位置；识别第一组复数个无细胞DNA分子，其分别位于对应于该生物之参考基因组中之第一染色体区域之N个基因组位点中之任一者；N系大于或等于10之整数；使用该第一组复数个无细胞DNA分子测量该等N个基因组位点之N个第一混合物甲基化程度(levels)；藉由该电脑系统使用该等N个第一甲基化程度判定该混合物中该第一组织类型之第一分率贡献(fractional contribution)；识别第二组复数个无细胞DNA分子，其分别位于对应于该生物之参考基因组之第二染色体区域之K个基因组位点中之任一者，K系大于或等于10之整数，其中该第二染色体区域不同于该第一染色体区域；使用该第二组复数个无细胞DNA分子测量该等K个基因组位点之K个第二混合物甲基化程度；藉由该电脑系统使用该等K个第二甲基化程度判定该混合物中该第一组织类型之第二分率贡献；计算该第一分率贡献与该第二分率贡献间之第一分离值；及
比较该第一分离值与临限值以判定该第一组织类型是否具有该第一染色体区域之序列失衡的类别。