系统性红斑狼疮外周血单个核细胞超保守区域转录表达基因模型的构建方法与应用

摘要

本发明涉及系统性红斑狼疮外周血单个核细胞超保守区域转录表达基因模型的构建方法与应用，构建方法包括以下步骤：设置SLE组与正常对照组，每组包括若干份全血标本，分离得到外周血单个核细胞；测定标本RNA的含量、质量与完整性，确定可用则执行下一步骤；采用T-UCR芯片分析人体T-UCRs表达水平，检测基因特异性探针标记的UCRs；进行RNA标记和芯片杂交；采用特征提取方法，分析芯片扫描结果；采用FC过滤鉴定差异表达的潜在T-UCRs及与其重叠UCRs的RNA转录子，采用GO分析测定与UCRs相关联的差异性mRNA在生物进程中的作用；比较两组中各标本间的倍数变化，筛选出表达差异的RNA。

主权项

系统性红斑狼疮外周血单个核细胞超保守区域转录表达基因模型的构建方法，其特征在于，包括以下步骤：S1，设置系统性红斑狼疮组与正常对照组，每组包括若干份相异人体的已经脱离人体的全血标本，分别分离得到外周血单个核细胞；S2，测定标本核糖核酸的含量、质量与完整性，确定可用，则执行下一步骤；S3，采用超保守区域转录子芯片分析人体超保守区域转录子表达水平，检测基因特异性探针标记的超保守区域基因；S4，进行核糖核酸标记和芯片杂交；S5，采用特征提取方法，分析获得的芯片扫描结果，过滤低强度表达的探针，将原始信号探针的强度进行归一化；S6，采用倍数变化方法过滤鉴定差异表达的潜在的超保守区域转录子及与其重叠超保守区域的核糖核酸转录子，并采用基因本体论方法分析测定与超保守区域相关联的差异性的信使核糖核酸在生物进程中的作用；S7，比较所述系统性红斑狼疮组与所述正常对照组中各标本间的倍数变化，筛选出表达差异的核糖核酸；步骤S2中，采用全波长超微量分光光度计测定标本核糖核酸的含量与质量，用琼脂凝胶电泳评估标本核糖核酸的完整性；步骤S3中，在各超保守区域基因的两端分别添加1kb的片段，然后用40bp的特异性探针标记；步骤S4中，采用单色芯片基底基因表达分析方案进行核糖核酸标记和芯片杂交，把信使核糖核酸和长链非编码核糖核酸在去除核糖体核糖核酸后从总核糖核酸中纯化出来；步骤S5中，筛选出至少1/3样本的信使核糖核酸和长链非编码核糖核酸；步骤S7中，设置所述倍数变化的阈值≥2.0；所述基因模型中，包括表达上调的8个超保守区域转录子，以及表达下调的32个超保守区域转录子，并且，各所述超保守区域转录子均为外显子；表达上调的8个超保守区域转录子包括uc.285+、uc.234+、uc.102+、uc.341+、uc.267+、uc.221‑、uc.290‑以及uc.90+，表达下调的32个超保守区域转录子包括uc.101‑、uc.138‑、uc.141‑、uc.144‑、uc.151‑、uc.166‑、uc.173+、uc.185‑、uc.186‑、uc.208‑、uc.209‑、uc.266+、uc.267+、uc.268‑、uc.276+、uc.280+、uc.28+、uc.324‑、uc.36+、uc.418‑、uc.419‑、uc.420‑、uc.45‑、uc.455‑、uc.457‑、uc.46‑、uc.475+、uc.50‑、uc.61‑、uc.63‑、uc.77‑以及uc.97+。