一种系统进化树的重建方法

摘要

本发明属于应用生物信息学技术领域，涉及一种系统进化树的重建方法。该方法首先选定特定的序列标记片段进行检索并筛选相关的序列数据并组织成.fasta格式文件作为基础数据集；随后对基础数据集进行基础系统发育树的构建并生成.XML系统发育树文件，同时构建基础BLAST库；然后综合基础数据集和新输入的自测序列数据进行系统发育树的重建并生成.XML文件，然后可视化和标注自测序列数据代表的样本物种在整棵大树中的位置等信息。该方法是一种基于初始大树构建和同源相似性比对的快速算法相结合的方法，可以用于生物系统发育、生物条形码、生物物种鉴定等相关领域的大系统发育树重建和web应用。

主权项

一种系统进化树的重建方法，其步骤包括：A、选定特定的序列标记片段进行检索，并筛选相关的序列数据组织成.fasta格式文件；B、对步骤A所述.fasta文件进行基础系统进化树的构建并生成.XML系统进化树文件；C、对步骤A所述.fasta文件进行格式化并构建BLAST库；D、根据所述.XML系统进化树文件和所述BLAST库，对综合基础数据集和新输入的自测序列数据进行系统进化树的重建并生成.XML文件；E、对重建的系统进化树进行可视化。