一种基于SNPLDB标记的限制性二阶段全基因组关联分析方法

摘要

本发明公开了一种基于SNPLDB标记的限制性二阶段全基因组关联分析方法，以解决传统方法无法估计复等位基因信息、假阳性率高以及在近交作物中检测功效低的问题。本发明结合基于单倍型区块构建的SNPLDB标记、近交群体关联分析模型偏差的矫正和多位点模型下二阶段关联分析策略，建立了适合于近交作物常规育种的GWAS方法。该方法将SNPLDB标记用于GWAS，为复等位基因估计提供了方法，第一阶段基于单位点模型来筛选候选位点，第二阶段基于多位点模型下的逐步回归分析方法作进一步筛选以平衡缺失遗传率和遗传率估计过高的问题，从而将最终遗传模型的解释率控制到性状遗传率。GWAS使用由SNPLDB标记估计的相似系数矩阵的特征向量和合适的显著水平来提高定位的准确性和功效。

主权项

一种基于SNPLDB标记的限制性二阶段全基因组关联分析方法，其特征在于，所述方法包括如下步骤：a)构建全基因组SNPLDB标记：首先对全基因组分子标记进行单倍型区块分析，根据连锁不平衡分析结果对全基因组标记进行单倍型区块的定义，然后根据单倍型区块通过合并区块内的标记将原始分子标记数据转换为SNPLDB标记；b)近交群体关联分析模型偏差的矫正：直接基于构建的全基因组SNPLDB标记，计算其遗传相似系数矩阵作为亲属关系的估计，用于矫正由近交导致的GWAS模型偏差；c)多位点模型下二阶段关联分析：第一阶段基于单位点模型使用0.05的显著水平进行筛选候选位点；第二阶段基于多元逐步回归分析方法构建包含多个位点的最终遗传模型。