水稻高抗性淀粉含量突变基因sbe3-rs的SNP检测方法

摘要

本发明公开了一种水稻高抗性淀粉含量突变基因sbe3-rs的SNP检测方法，根据sbe3-rs基因存在单核苷酸变异，采用四引物扩增受阻突变体系PCR即ARMS-PCR的方法，设计四条基因特异性引物，加入同一PCR反应体系对不同水稻DNA进行扩增，根据其PCR的特征条带，能够快速、准确地鉴定水稻种植资源或其育种群体中是否含有突变基因sbe3-rs，本发明的检测方法具有灵敏度高、特异性强的特点，可以提高对高抗性淀粉突变基因sbe3-rs的选择效率，加速高抗性淀粉水稻品种的选育过程。

主权项

一种水稻高抗性淀粉含量突变基因sbe3‑rs的SNP检测方法，其为四引物扩增受阻突变体系PCR即ARMS‑PCR的分子标记方法，包括如下步骤：1)ARMS引物设计根据sbe3‑rs基因在第16个外显子的第105位处具有T→C的单核苷酸碱基突变，设计四条基因特异性引物，分别为：正向外引物、反向外引物、正向内引物和反向内引物；其中，正向内引物和反向内引物的3’末端终止在待检测突变位点，在正向内引物和反向内引物的3’端倒数第3位设置碱基错配；2)ARMS‑PCR扩增将步骤1)中的四条基因特异性引物加入同一PCR反应体系，并对水稻植株的DNA进行PCR扩增，进行琼脂糖凝胶电泳；3)根据电泳结果确定基因型如果有572bp和218bp两条特征条带，即为不含sbe3‑rs基因型纯合体即低抗性淀粉含量植株；如果有572bp和397bp两条带，即为高抗性淀粉突变体基因sbe3‑rs纯合体；如果同时存在572bp、218bp和397bp三条带，则为高抗性淀粉突变体基因sbe3‑rs的杂合体。