用于检测等位变体的组合物和方法

摘要

本发明提供了用于区分不同等位基因之间序列变异的组合物、方法和试剂盒。更具体地，在一些实施方案中，本发明提供了以高灵敏度和/或特异性确定稀有(例如，突变)等位变体(如单核苷酸多态性(SNP)或核苷酸插入或缺失)在包含丰富(例如，野生型)等位变体的样品中的存在和/或水平(例如，定量)的组合物、方法和试剂盒。由此，在某些实施方案中，本发明提供了用于例如与非常低水平的突变等位基因相比，在含有丰富水平的野生型等位基因的样品中检测体细胞突变的高度选择性方法。

主权项

用于检测或定量疑似至少具有靶序列的第二等位变体的核酸样品中靶序列的第一等位变体的方法，所述方法包括：(a)通过合并以下而形成反应混合物：(i)核酸样品；(ii)等位基因特异性引物，其中等位基因特异性引物的等位基因特异性核苷酸部分与靶序列的第一等位变体互补，并且其中等位基因特异性引物包含至少一个核酸修饰；(iii)与包含第二等位变体的靶序列区域互补的等位基因特异性阻断探针，其中等位基因特异性阻断探针包含不可延伸性阻断部分和至少一个核酸修饰；(iv)检测探针；和(v)与第一等位变体3’的靶序列区域互补并在相反链上的基因座特异性引物；和(b)使用基因座特异性引物和等位基因特异性引物，对反应混合物实施扩增反应以形成扩增子；和(c)通过检测检测探针的可检测特性的变化检测所述扩增子，由此检测核酸样品中靶基因的第一等位变体。