基于候选肽段区分度标记图谱的蛋白质二级质谱鉴定方法

摘要

本发明公开了一种基于候选肽段区分度标记图谱的蛋白质二级质谱鉴定方法，涉及蛋白质二级质谱鉴定领域。本方法包括如下步骤：建立肽段数据库和肽段数据库索引；根据待分析实验图谱中母离子从肽段数据库中找出候选肽段，并产生理论图谱；对待分析实验图谱进行去同位素峰和选取有效峰；产生基于候选肽区分度的实验标记图谱；统计不同区间峰强度区分度、理论碎片离子和实验图谱质量误差区分度以及实验图谱峰与理论图谱匹配峰的碎片离子区分度；对每个候选肽段基于实验标记图谱匹配离子的区分度进行打分，选择最高得分的肽段作为此实验图谱鉴定结果。本方法鉴定有效质谱的数量和蛋白质肽段数量均高于现有算法，鉴定效率也大大提高了。

主权项

一种基于候选肽段标记图谱的蛋白质二级质谱鉴定方法，其特征在于包括如下步骤： （1）虚拟酶解蛋白质数据库序列，并根据肽段的质量数对酶解后的肽段建立肽段数据库和肽段数据库索引； （2）根据待分析实验图谱中母离子的质荷比在步骤（1）所述的肽段数据库中找出符合要求的候选肽段，并对找到的所有候选肽段产生符合要求的理论图谱； （3）对待分析实验图谱进行去同位素峰和选取有效峰； （4）产生基于候选肽区分度的实验标记图谱； （5）统计分析不同区间峰强度区分度，不同区间理论碎片离子和实验图谱质量误差区分度，统计完成后，各区间的值为常量，并计算实验图谱峰与理论图谱匹配峰的碎片离子区分度； （6）对每个候选肽段基于实验标记图谱匹配离子的区分度进行打分，选择最高得分的肽段作为此实验图谱鉴定结果，对鉴定结果进行质量控制； 所述的打分包括匹配离子区分度的打分、连续匹配离子区分度的打分、b，y匹配离子的打分及基于区分度的总打分。