发明名称 |
一种用于建立蛋白质体系分子模拟力场的方法 |
摘要 |
本发明涉及一种用于建立蛋白质体系分子模拟力场的方法。该力场的建立以氨基酸的四肽链结构为模型,选取了五种具有代表性的结构,模型分子的构型首先在气态用6-31G**基组进行优化,然后在液态用6-31G**,6-311++G**和cc-pVTZ基组做单点校正,MP2/cc-pVTZ方法下用M052x/6-31G**优化的构型做了单点能量计算。液态计算采用的水溶剂模型是IEFPCM,构造空穴时选择的是UAKS联合原子拓扑模型。用这种的方法得到的力场,准确性大大提高,计算的RMS值明显小于其它的力场,接近QM方法的M052x的结果,计算的RMS-C值表明新的力场方法克服了原有力场中构象偏向的缺点。 |
申请公布号 |
CN102779239A |
申请公布日期 |
2012.11.14 |
申请号 |
CN201110117428.0 |
申请日期 |
2011.05.09 |
申请人 |
中国科学院研究生院 |
发明人 |
汪志祥;姜金良;吴春 |
分类号 |
G06F19/12(2011.01)I;G06F19/16(2011.01)I |
主分类号 |
G06F19/12(2011.01)I |
代理机构 |
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代理人 |
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主权项 |
一种用于建立蛋白质体系分子模拟力场的方法,该方法中力场的建立以氨基酸的四肽链结构为模型,选取了五种具有代表性的结构,其特征在于首先将模型分子的构型在气态用6‑31G**基组进行优化,然后在液态用6‑31G**,6‑311++G料和cc‑pVTZ基组做单点校正,MP2/cc‑pVTZ方法下用M052x/6‑31G**优化的构型做了单点能量计算。液态计算采用的水溶剂模型是IEFPCM,构造空穴时选择的是UAKS联合原子拓扑模型。 |
地址 |
100049 北京市石景山区玉泉路19号甲 |