发明名称 |
基于宏基因组16S高可变区V3的分类方法和装置 |
摘要 |
本发明公开一种基于宏基因组16S高可变区V3的分类方法和装置。该方法包括:提取微生物样品中的DNA;对宏基因组16S rDNA的高可变区V3进行扩增,对扩增产物进行Solexa建库,同时在建库过程中通过加上带有标签序列的接头,对每个样品进行标记;将带有标签序列的不同样品进行混合,混合后使用Solexa测序工具进行测序,得到按照标签区分的原始的测序序列reads;利用reads的重叠关系组装得到高可变区V3的全长序列unique reads;对unique reads进行分类分析,以实现对微生物群体的分类。本发明的方法和装置,对微生物群体的分类准确,且大大降低了测序成本。 |
申请公布号 |
CN102517392A |
申请公布日期 |
2012.06.27 |
申请号 |
CN201110439198.X |
申请日期 |
2011.12.26 |
申请人 |
深圳华大基因研究院;深圳华大基因科技有限公司 |
发明人 |
章文蔚;郭晶;龚梅花;张艳艳;王俊;汪建;杨焕明 |
分类号 |
C12Q1/68(2006.01)I;C12M1/34(2006.01)I |
主分类号 |
C12Q1/68(2006.01)I |
代理机构 |
中国国际贸易促进委员会专利商标事务所 11038 |
代理人 |
孙宝海 |
主权项 |
一种对宏基因组16S高可变区V3进行测序聚类分析的方法,其特征在于,该方法包括:提取微生物样品中的脱氧核糖核酸(DNA);对提取DNA的宏基因组16S核糖体脱氧核糖核酸(rDNA)的高可变区V3进行扩增,得到作为扩增产物的DNA片段;对DNA片段进行PCR‑Free Solexa建库,建库过程中在DNA片段上加上标签序列以对每个样品进行标记;将各个样品的带有标签序列的DNA片段进行混合,使用Solexa测序工具对混合后的DNA片段进行测序,得到按照标签区分的测序序列(reads);利用测序序列的重叠关系组装得到高可变区V3的全长序列(unique reads);对全长序列进行分类分析,以实现对微生物群体的分类。 |
地址 |
518083 广东省深圳市盐田区北山工业区综合楼 |