一种miRNA预测方法

摘要

本发明公开了一种miRNA预测方法，其特征是：a)基于主成分分析方法，建立一种新的核酸序列结构表征方法-碱基二维性质得分；b)用碱基二维性质得分表征人类基因miRNA和非miRNA的结构；c)用自交叉协方差方法对每个miRNA和非miRNA的表征变量做归一化处理；d)用逐步方法挑选与miRNA结构特征密切相关的参数，以线性判别分析方法建立miRNA预测模型；e)分别以自取代检验，留1/5法交互检验以及外部检验验证方法的预测能力。该发明方法可用于miRNA预测，发现新的未知miRNA基因。

主权项

一种miRNA预测方法，其特征在于包括如下步骤：a)具体包括a1)精选5种碱基的514种二维性质参数；a2)对514种性质参数做主成分分析，得到4个主成分；a3)计算各主成分得分，建立碱基二维性质得分；b)用碱基二维性质得分涉及的4个主成分得分对miRNA和非miRNA的结构进行表征，其中的每个碱基用4个碱基二维性质得分表征；c)用自交叉协方差处理得到的每个miRNA和非miRNA的表征变量，设置步长l为6，使每个miRNA和非miRNA的表征变量数目一致，并将得到的变量作为miRNA预测模型的自变量，以1和2两个指示变量分别表示miRNA样本和非miRNA样本，并以此指示变量作为miRNA预测模型的因变量；d)用逐步方法挑选与miRNA结构特征密切相关的参数，用线性判别分析方法建立miRNA预测模型；e)用自取代检验，留1/5法交互检验，外部检验验证模型的预测能力，将每个miRNA样本和非miRNA样本的自变量带入模型并计算，若得1，则该样本被识别为miRNA，若得2，则该样本被识别为非miRNA。