一种抑癌能力遗传风险评估的基因检测方法

摘要

本发明公开了一种抑癌基因遗传风险评估的基因检测方法，其特征在于，通过同时检测分析个体的TP53BP1基因、TP53基因SNPs位点基因携带型为所有的受检者提供抑癌基因的遗传风险评估、相关疾病风险规避的个性化健康指导。本发明的优点是可在基因损伤发生前就采取干预措施，从而避免基因损伤，从而降低与基因损伤相关的疾病(如肿瘤)的发病率和死亡率；从分子机理上进行肿瘤发病机理的分析，可用于肿瘤分子流行病学调查和肿瘤防治措施的制定。

主权项

1.一种抑癌基因遗传风险评估的基因检测方法，其特征在于，其方法为：步骤1.检测的样品类型与采样方法：用采样拭在20-30个被测者口腔中分别左右两腮至少需要各上下刮40次以上，以保证采集到足量的细胞样本；步骤2.基因组DNA的抽提方法：采用硅胶吸附法抽提每一个口腔上皮细胞样本的基因组DNA，时间为2小时-2.5小时，共抽提20-30个被测者样本，经电泳检测后，用肉眼可见清晰白色条带即可判断获得的DNA能进入下一步检测；步骤3：荧光定量PCR反应将每一个被测者样本分别放入3个反应孔，同时检测抑癌基因TP53(P53BP1)SEQ ID NO1：T-885G、抑癌基因TP53(P53BP1)SEQ ID NO2：Gln1136Lys、抑癌基因TP53(TP53)SEQ ID NO3：Arg72Pro 3个位点，20-30个被测者样本就有60-90个反应孔，并增设不含DNA模版的NTC空白对照孔；每一个反应孔的基因分型根据下表的引物和探针设计，采用-MGB技术，进行检测试剂合成；在每一个反应孔中加入试剂为荧光定量PCR反应体系，总体积为10μl，即浓度为20ng/μl的DNA模板2μl、1μl 10X荧光定量PCR反应缓冲液ABIMGB、0.1μl 25mM d NTP合成DNA的四种脱氧核苷酸底物、0.5μl 25mM MgCl₂溶液、0.02μl(5units/μl)Taq DNA聚合酶、去离子水5.43μl、3个位点分别采用不同的正向引物(20μM，0.225μl)、反向引物(20μM，0.225μl)、VIC荧光探针(10μM，0.25μl)和FAM荧光探针(10μM，0.25μl)工具进行检测，将61-91个反应孔在ABI9700型PCR扩增仪上进行反应，先进行预热50℃、2分钟，95℃、10分钟，然后再进行60个循环的95℃、30秒，60℃、1分钟、反应结束后取出后再放入ABI7900型荧光定量PCR仪上读取样品荧光量，并自动将20-30个被测者样本检测3个点位的数据对号入座到3个图中，同时生成3张图，是抑癌基因TP53(P53BP1)SEQ ID NO1：T-885G图、抑癌基因TP53(P53BP1)SEQ ID NO2：Gln1136Lys图、抑癌基因TP53(TP53)SEQ ID NO3：Arg72Pro图；步骤4：SNP基因型分析将ABI7900型荧光定量PCR仪上显示的最终样本荧光信号的3个表和一个NTC空白对照进行比较，每个位点理论上存在三种不同的信号，纯VIC荧光信号、VIC和FAM杂合荧光信号以及纯FAM荧光信号，分别代表该位点三种不同的基因型；(1)、抑癌基因TP53(P53BP1)SEQ ID NO1：T-885G在检测结果图中，共有21-31个点，每个点代表一个被测者样本的检测结果，坐标轴(X：0.4-0.5Y：0.3-0.4)区域为空白对照、坐标轴(X：0.2-0.4Y：1.1-1.3)区域为TT基因型、坐标轴(X：0.6-0.8Y：0.7-1.0)区域为TG基因型、坐标轴(X：0.7-0.9Y：0.3-0.4)区域为GG基因型，其中，TT、TG为风险基因型，携带风险基因型时，蛋白质翻译减少或编码突变型蛋白质时均可导致细胞的恶变，导致癌症易感性增加；(2)、抑癌基因TP53(P53BP1)SEQ ID NO2：Gln1136Lys在检测结果图中，共有21-31个点，每个点代表一个被测者样本的检测结果，坐标轴(X：0.0-0.1Y：0.1-0.3)区域为空白对照、坐标轴(X：0.0-0.1Y：1.1-1.3)区域为AA基因型、坐标轴(X：0.2-0.3Y：0.9-1.2)区域为AG基因型、坐标轴(X：0.35-0.45Y：0.4-0.6)区域为CC基因型，其中，AA为风险基因型，携带风险基因型时，蛋白质翻译减少或编码突变型蛋白质时均可导致细胞的恶变，导致癌症易感性增加；(3)、抑癌基因TP53(TP53)SEQ ID NO3：Arg72Pro在检测结果图中，共有21-31个点，每个点代表一个被测者样本的检测结果，坐标轴(X：0.0-0.1Y：0.3-0.4)区域为空白对照、坐标轴(X：0.1-0.3Y：1.6-1.9)区域为CC基因型、坐标轴(X：0.6-0.8Y：1.1-1.4)区域为CG基因型、坐标轴(X：0.9-1.1Y：0.4-0.6)区域为GG基因型，其中，CC为风险基因型，携带风险基因型时，蛋白质翻译减少或编码突变型蛋白质时均可导致细胞的恶变，导致癌症易感性增加；每一个被测者的3个点落在3个表上哪个区域，即可知道被测者抑癌基因的遗传风险。