一种筛选基因组DNA中差异位点及其侧翼序列的方法

摘要

本发明公开了一种筛选基因组DNA中差异位点及其侧翼序列的方法。该方法包括以下步骤：1)用能产生粘性末端的限制性核酸内切酶消化参比基因组DNA和待测基因组DNA；2)根据所述粘性末端设计接头H，使其与所述带有粘性末端的DNA片段连接；3)以所述连接产物作为模板，利用引物H1进行PCR扩增；4)先利用S1核酸酶切割含有错配碱基的异源双链DNA；然后再加入所述限制性核酸内切酶；5)对所述待测基因组DNA中差异位点侧翼序列片段加dATP尾；6)对所述具有dATP尾的待测基因组DNA中差异位点侧翼序列片段连接接头T；7)利用引物H1和T1扩增所述待测基因组DNA中差异位点侧翼序列片段，并进行测序，获得所述侧翼序列；确定所述待测基因组DNA中的差异位点。

主权项

1、一种筛选基因组DNA中差异位点及其侧翼序列的方法，包括以下步骤：1)用能产生粘性末端的限制性核酸内切酶消化参比基因组DNA和待测基因组DNA，使所述参比基因组DNA和待测基因组DNA分别产生带有粘性末端的DNA片段；2)根据所述粘性末端设计接头H，使所述接头H与所述带有粘性末端的DNA片段连接，得到所述参比基因组DNA酶切片段连接产物和所述待测基因组DNA酶切片段连接产物；所述接头H是其中一条链的末端带有所述粘性末端序列的互补核苷酸链；3)以所述参比基因组DNA酶切片段连接产物和所述待测基因组DNA酶切片段连接产物作为模板，利用选自所述接头H的不带所述粘性末端序列的那个单链核苷酸的部分序列作为引物H1，进行PCR扩增，得到含有错配碱基的异源双链DNA和同源双链DNA；4)先利用S1核酸酶切割所述含有错配碱基的异源双链DNA，得到所述待测基因组DNA中差异位点侧翼序列片段；然后再在反应体系中加入所述限制性核酸内切酶，使所述同源双链DNA的两个末端均为粘性末端；5)对所述待测基因组DNA中差异位点侧翼序列片段加dATP尾，得到具有dATP尾的待测基因组DNA中差异位点侧翼序列片段；6)对所述具有dATP尾的待测基因组DNA中差异位点侧翼序列片段连接接头T；所述接头T是一条链的末端为突出的dTTP的互补核苷酸链；7)根据所述接头T和接头H设计一对引物H1和T1，扩增所述待测基因组DNA中差异位点侧翼序列片段；8)对所述待测基因组DNA中差异位点侧翼序列片段扩增产物进行测序，获得所述待测基因组DNA中差异位点侧翼序列；9)根据所述待测基因组DNA中差异位点侧翼序列片段，确定所述待测基因组DNA中的差异位点。