发明名称 监定不动杆菌之寡核酸生物晶片
摘要 本发明系提供一种监定不动杆菌菌种之DNA序列及含有该序列寡核酸探针的生物晶片,其主要原理系根据不动杆菌16S-23S核糖体核酸基因间隔区(intergenic spacerregion, ITS)之种特异性,针对各不动杆菌菌种设计出具有专一性的寡核酸探针,用以监定不动杆菌属之菌种。
申请公布号 TWI252257 申请公布日期 2006.04.01
申请号 TW093136925 申请日期 2004.11.30
申请人 国立成功大学 发明人 张长泉;唐中道;魏郁芳
分类号 C12Q1/68;C12Q1/04 主分类号 C12Q1/68
代理机构 代理人 郭雨岚 台北市大安区仁爱路3段136号15楼;林发立 台北市大安区仁爱路3段136号15楼
主权项 1一种用于监定不动杆菌属醋酸钙不动杆菌( Acinetobacter calcoaceticus)之寡核酸序列,系包括:SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6或SEQ ID NO:7所示之序列、其互补 股或衍生物。 2.一种用于监定不动杆菌属鲍氏不动杆菌( Acinetobacter baumannii)之寡核酸序列,系包括:SEQ ID NO:8所示之序列、其互补股或衍生物。 3.一种用于监定不动杆菌属基因种3(Acinetobacter genomic species 3)之寡核酸序列,系包括:SEQ ID NO:9、 SEQ ID NO:10或SEQ ID NO:11所示之序列、其互补股或衍 生物。 4.一种用于监定不动杆菌属鲁氏不动杆菌( Acinetobacter lwoffii)之寡核酸序列,系包括:SEQ ID NO: 12、SEQ ID NO:13或SEQ ID NO:14所示之序列、其互补股 或衍生物。 5.一种可用于监定不动杆菌属基因种9(Acinetobacter genomic species 9)之寡核酸序列,系包括:SEQ IDNO:15所 示之序列、其互补股或衍生物。 6.一种可用于监定不动杆菌属基因种13TU( Acinetobacter genomic species 13TU)之寡核酸序列,系包 括:SEQ ID NO:16或SEQ ID NO:17所示之序列、其互补股或 衍生物。 7.一种可用于监定不动杆菌属基因种15TU( Acinetobacter genomic species 15TU)之寡核酸序列,系包 括:SEQ ID NO:18或SEQ ID NO:19所示之序列、其互补股或 衍生物。 8.一种可用于监定不动杆菌属(Acinetobacter)之寡核 酸序列,系包括:SEQ ID NO:3或SEQ ID NO:4所示之序列 、其互补股或衍生物。 9.一种可用于监定不动杆菌之生物晶片,于该晶片 上系固定有复数个探针,其中前述探针系可选自下 列群组包括:SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10 、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12、SEQ ID NO:13、SEQ ID NO:14、 SEQ ID NO:15、SEQ ID NO:16、SEQ ID NO:17、SEQ ID NO:18、SEQ ID NO:19之寡核酸序列、其互补股、衍生物及其 组合。 10.如申请专利范围第1项至第8项中任一项所述之 寡核酸序列,其中前述衍生物系指于前述序列或 其互补股之3'端或5'端修饰其他核酸序列,使其 仍和原序列具有70%或以上相似性之寡核酸序列 。 11.如申请专利范围第1项至第8项中任一项所述之 寡核酸序列,其中前述衍生物系指于前述序列或 其互补股之3'端或5'端修饰其他核酸序列,使其 仍和原序列具有90%或以上相似性之寡核酸序列 。 12.如申请专利范围第9项所述之生物晶片,其中前 述衍生物系指于前述序列或其互补股之3'端或5'端 修饰其他核酸序列,使其仍和原序列具有70%或以 上相似性之寡核酸序列。 13.如申请专利范围第9项所述之生物晶片,其中前 述衍生物系指于前述序列或其互补股之3'端或5'端 修饰其他核酸序列,使其仍和原序列具有90%或以 上相似性之寡核酸序列。 14.一种监定不动杆菌菌种之方法,系包括下列步骤 : (a)自待测菌株萃取DNA; (b)利用适当之引子对以增幅萃取前述DNA中16S-23S核 糖体DNA之ITS序列; (c)将前述步骤(b)之产物与申请专利范围第9项所述 之生物晶片进行杂交反应;以及 (d)藉由观察步骤(b)之产物与前述晶片上何种探针 具有正反应而判断该待测菌株之基因种。 15.如申请专利范围第14项所述之方法,其中前述步 骤(b)系可使用聚合连锁反应进行增幅。 16.如申请专利范围第14项所述之方法,其中前述步 骤(b)之引子对,其正向引子为SEQ ID NO:1;反向引子为 SEQ ID NO:2所示之序列。 图式简单说明: 第一图系为寡核酸探针在晶片上之配置图。 第二图显示醋酸钙不动杆菌LMG 1046T和正对照组在 晶片上与寡核酸探针杂交后呈色结果。 第三图显示鲍氏不动杆菌BCRC 10591T和正对照组在 晶片上与寡核酸探针杂交后呈色结果。 第四图显示基因种3 BCRC 15420和正对照组在晶片上 与寡核酸探针杂交后呈色结果。 第五图显示鲁氏不动杆菌BCRC 14855T和正对照组在 晶片上与寡核酸探针杂交后呈色结果。 第六图显示基因种9 LMG 985和正对照组在晶片上与 寡核酸探针杂交后呈色结果。 第七图显示基因种13TU BCRC 15417和正对照组在晶片 上与寡核酸探针杂交后呈色结果。 第八图显示基因种15TU CCUG 26390和正对照组在晶片 上与寡核酸探针杂交后呈色结果。 第九图显示不动杆菌属非探针设计菌种Acinetobacter venetianus CCUG 45561T和正对照组在晶片上与寡核 酸探针杂交后呈色结果。 第十图显示霍乱沙门氏杆菌(非不动杆菌属)和正 对照组在晶片上与寡核酸探针杂交后呈色结果 。
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