一种蛋白质二级结构预测方法

摘要

本发明属于蛋白质二级结构预测方法领域。本发明涉及一种基于组成已知结构蛋白质的三肽结构微环境的构象(或折叠)倾向因子数据库的数据建模方法以及基于此种数据库的蛋白质二级结构预测方法。并在此基础上，我们设计并编写了一个计算机应用程序。本发明可用于全新蛋白质或蛋白质突变的分子设计，有利于指导基于结构的全新药物设计，有助于功能基因组特别是蛋白质结构与功能关系的研究，更有益于多维核磁共振中二级结构的指认以及晶体结构的解析等。

主权项

1、一种基于氨基酸构象或折叠倾向因子数据库的蛋白质二级结构预测方法，其特征是采用下列步骤：包括预测算法、评价指标和检验集；预测算法根据螺旋规则、折叠规则、其他构象规则和重叠区规则，采用不同的规则进行计算；采用国际上通用的评价指标，即三态准确率Qi和整体准确率Q3进行评价；Qi＝Pi/(Pi+Oi) i∈(H，E，C) Q3＝(Pα+Pβ+Pc)/T ； ；在这里，Pi表示被正确预测为i态的残基个数，Oi表示被错误预测为i态的残基个数；Pα、Pβ和Pc分别表示被正确预测为螺旋、折叠和其他构象的残基个数，T表示蛋白质样本的氨基酸残基总数量。