一种用于鉴别猪种及其毛色的基因MC1R的SNP标记及方法和应用

摘要

本发明公开了一种用于鉴别猪种及其毛色的基因MC1R的SNP标记。本发明还公开了一种用于鉴别猪种及其毛色的基因MC1R的SNP标记引物，本发明还公开一种用于鉴别猪种及其毛色的基因MC1R的SNP标记方法。本发明提供的分子遗传标记不受猪的年龄、性别等限制，可用于本土黑毛家猪纯种的早期选育，也可以对未知来源的猪肉样品进行猪种及毛色的鉴别与遗传关系推断。筛选方法准确，操作简单，成本低，效率高。

主权项

一种用于鉴别猪种及其毛色的基因MC1R的SNP标记，其特征在于，基因MC1R的六个单倍型MC1R*1、MC1R*2、MC1R*3、MC1R*4、MC1R*5和MC1R*6的核苷酸序列分别如SEQ ID NO.9、SEQ ID NO.11、SEQ ID NO.13、SEQ ID NO.15、SEQ ID NO.17及SEQ ID NO.19所示，上述核苷酸序列所对应的氨基酸序列分别如SEQ ID NO.10、SEQ ID NO.12、SEQ ID NO.14、SEQ ID NO.16、SEQ ID NO.18及SEQ ID NO.20所示；其中，毛色、猪种与基因变异对应的关系如下表1所示：表1 毛色、猪种与MC1R变异对应表其中，表中的变异位置是完整编码区中的实际变异位置；上表1中各单倍型的核苷酸与氨基酸变异如下表2所示：表2 各单倍型的核苷酸与氨基酸变异其中，表2中核苷酸变异位置是以472bp所测序列第一位为起点，完整编码区中的实际位置应在本位置上增加269个；氨基酸变异的实际位置应在本位置上增加90个。