用于检测重排基因组序列中的断点的方法

摘要

用于检测BRCA1基因座中序列扩增的方法，所述序列的末端由序列延伸组成或被包含在序列延伸中，所述序列延伸在BRCA1基因座中至少是双重存在的，而且所述扩增导致扩增序列的至少两个或至少三个，特别是三个串联拷贝；用于确定与这些扩增相关的疾病或病症的倾向，包括卵巢癌或乳腺癌的倾向的方法和用于检测其它基因座中具有类似特征的扩增和/或用于预测这种扩增的断点的方法。

主权项

用于体外预测与生物样品核酸中的重排、特别是大的重排相关的断点的方法，所述生物样品包含染色体核酸、特别是人染色体核酸的代表性核酸，所述方法包括下述步骤：‑对生物样品的核酸进行作图，特别是利用分子梳或相关的直接作图方法；‑确定重排的尺寸和/或其尺寸的置信区间、重排一端的一个断点的位置和/或其位置的置信区间、和重排序列的另一端的断点的位置和/或其位置的置信区间；‑确定所确定的断点位置的预测序列之间的序列同源性，这些预测序列由参考数据库、特别是人参考基因组通过确定特定同源序列延伸的存在获得，所述同源序列延伸在序列延伸长度上的核苷酸具有80‑98％的核苷酸同一性，核酸中每一个用于确定同源性的序列延伸具有至少200bp的长度；‑在所述鉴别的同源序列延伸内，确定在部分同源核酸序列上的严格序列同一性，所述严格同一性存在于大约25bp至大约80bp的序列部分上，特别是存在于至少30或至少40或至少45bp、尤其是小于80pb的序列上；‑以及，当这种部分存在时，显示这种序列同一性，报告这种部分有可能包含序列重排的断点。