一种结核分枝杆菌四种二线药物耐药基因特异片段组合及其应用

摘要

本发明提供了用于治疗结核病的四种二线药物氟喹诺酮类药物、氨基糖苷类药物卡那霉素和阿米卡星(丁胺卡那霉素)及环肽类药物卷曲霉素的结核分枝杆菌耐药性检测相关的核酸片段组合及其应用。具体而言，本发明提供了氟喹诺酮类药物耐药相关基因gyrA，氨基糖苷类药物卡那霉素和阿米卡星及环肽类药物卷曲霉素耐药相关基因rrs和eis启动子的突变核酸片段组合、特异性检测突变的寡核苷酸探针、由此制备的试剂盒以及相关的耐药性检测方法。

主权项

用于结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis)耐药性检测的核酸片段组合，包括以下(1)至(3)中的两个或全部：(1)SEQ ID NO:1的208位至390位的核酸序列的突变体，其中突变选自：(1.1)：SEQ ID NO:1的第269位的C突变为T，其导致SEQ ID NO:1所编码的氨基酸序列(SEQ ID NO:2)的第90位由Ala突变为Val；(1.2)：SEQ ID NO:1的第271位的T突变为C，其导致SEQ ID NO:1所编码的氨基酸序列(SEQ ID NO:2)的第91位由Ser突变为Pro；(1.3)：SEQ ID NO:1的第281位的A突变为G，其导致SEQ ID NO:1所编码的氨基酸序列(SEQ ID NO:2)的第94位由Asp突变为Gly；(1.4)：SEQ ID NO:1的第281位的A突变为C，其导致SEQ ID NO:1所编码的氨基酸序列(SEQ ID NO:2)的第94位由Asp突变为Ala；(1.5)：SEQ ID NO:1的第280位的G突变为T，其导致SEQ ID NO:1所编码的氨基酸序列(SEQ ID NO:2)的第94位由Asp突变为Tyr；(1.6)：SEQ ID NO:1的第280位的G突变为A，其导致SEQ ID NO:1所编码的氨基酸序列(SEQ ID NO:2)的第94位由Asp突变为Asn；(1.7)：SEQ ID NO:1的第280位的G突变为C，其导致SEQ ID NO:1所编码的氨基酸序列(SEQ ID NO:2)的第94位由Asp突变为His；以及(1.8)：(1.1)至(1.7)中所述突变的任意组合；(2)SEQ ID NO:3的第1390‑1490位的核酸序列的突变体，其中突变选自：(2.1)：SEQ ID NO:3的第1401位的A突变为G；(2.2)：SEQ ID NO:3的第1402位的C突变为T；(2.3)：SEQ ID NO:3的第1484位的G突变为T；以及(2.4)：(2.1)至(2.3)中所述突变的任意组合；(3)SEQ ID NO:4的‑50至‑1位的突变体，其中突变选自：(3.1)：SEQ ID NO:4的第‑14位的C突变为T；(3.2)：SEQ ID NO:4的第‑12位的C突变为T；(3.3)：SEQ ID NO:4的第‑10位的G突变为A；以及(3.4)：(3.1)至(3.3)中所述突变的任意组合。