蛋白质样品的比较

摘要

提供了定性和/或定量检测蛋白质样品中突变、修饰或杂质的存在的方法。该方法利用在蛋白质消化之前将同位素标记的氨基酸变体掺入到蛋白质中，以使得能够在自下而上液相色谱中比较两种蛋白质样品。由本发明所实现的测量不仅考虑蛋白水解消化期间所产生的肽的质量，而且亦考虑各所得肽的丰度。通过在蛋白质消化之前利用与未标记的蛋白质混合的SITR样品，使得可经MS来测量肽的丰度。本文所用术语“SITRS样品”或“SITRS标准品”意为具有已知序列的蛋白质(例如抗体)，其用存在于蛋白质中的至少一个氨基酸的稳定同位素标记的变体来标记。

主权项

表征蛋白质样品的方法，所述方法包括：(i)提供具有已知氨基酸序列的第一蛋白质样品，其中所述第一蛋白质样品中至少一个氨基酸被同位素标记的氨基酸取代；(ii)提供未标记的第二蛋白质样品，其包含对应于所述第一蛋白质中的同位素标记变体的未标记的氨基酸；(iii)将所述第一样品与所述第二样品混合以形成混合物；(iv)对所述混合物进行蛋白质消化以形成第一消化物；(v)对所述第一消化物进行自下而上液相色谱‑质谱以形成包括一个或多个双峰或单峰的第一波谱，各双峰表明存在来自所述第一样品的同位素标记的肽和来自所述第二样品的相应的未标记的肽，各单峰表明存在具有突变、修饰或杂质的肽，藉此表征所述第二蛋白质样品。