氧化葡萄糖酸杆菌的基因组尺度代谢网络构建和分析方法

摘要

一种氧化葡萄糖酸杆菌的基因组尺度代谢网络构建和分析方法：利用KEGG数据库中氧化葡萄糖酸杆菌的基因注释信息和对应酶的生物化学信息构建反应列表草图；对草图进行修改；添加生物量合成、运输和交换反应形成代谢网络；将代谢网络转化为SBML格式，利用Matlab和COBRA Toolbox对代谢网络进行调试，分析存在的缺口和无效循环，并根据调试结果进行修正；根据代谢网络，利用Pajek绘制代谢网络图，并进行网络拓扑结构分析；根据代谢网络，利用Matlab和COBRA Toolbox进行鲁棒性、基因必要性和通量可变性分析中的一种或多种分析。本发明分析氧化葡萄糖酸杆菌在生产二羟基丙酮、维生素C和葡萄糖酸等各种产物时的代谢状态。

主权项

一种氧化葡萄糖酸杆菌的基因组尺度代谢网络构建和分析方法，其特征在于，包括如下步骤：1)利用KEGG数据库中氧化葡萄糖酸杆菌的基因注释信息和对应酶的生物化学信息构建反应列表草图；2)对反应列表草图进行修改；3)添加生物量合成反应、运输反应和交换反应，形成代谢网络；4)将代谢网络转化为SBML格式，利用Matlab和COBRA Toolbox对代谢网络进行调试，分析其中存在缺口和无效循环，并根据调试结果修正所述的缺口和无效循环；5)根据步骤4)生成的最终代谢网络，利用Pajek绘制代谢网络图，并进行网络拓扑结构分析；6)根据步骤4)生成的最终代谢网络，利用Matlab和COBRA Toolbox进行鲁棒性分析、基因必要性分析和通量可变性分析中的一种或多种分析。