高效功能标记规模化开发和QTL定位候选基因的快速确定方法

摘要

本发明涉及功能基因分子标记的规模化开发，属于分子遗传学和分子育种领域。本发明将其它物种已知功能的基因序列与所研究物种（靶物种）的基因组序列比对，找出同源基因序列，然后将已知功能的靶物种的同源基因序列及其上下游50kb区域序列提取出，找出简单序列重复（SSR）位点，开发出与目标性状紧密连锁的功能性SSR标记，整合QTL定位的结果，快速确定QTL所在区域的候选基因。本发明开发出的功能性SSR标记具有多态性高、结果稳定可靠、重复性好、操作简便和成本低等特点，特别适合QTL初步定位后快速进行加密标记和候选基因的确定，实现多个性状候选基因的规模化确认，打破了传统QTL初步定位后进一步加密标记和寻找候选基因费时和费力的瓶颈。

主权项

一种高效功能标记规模化开发和QTL定位候选基因的快速确定方法，其特征在于，具体方案如下：1）  根据所研究的性状从模式植物的序列信息中寻找目标性状基因序列；2）  在NCBI网站上http://www.ncbi.nlm.nih.gov/将已获得的功能基因序列与靶物种即正在进行QTL定位研究的物种进行BLAST，找出已知基因同源的靶基因即靶物种中控制目标性状的基因序列；3) 按照同源比对上的目标物种的登陆号Accession code，在www.ncbi.nlm.gov/sites/batchentrez 网站上对靶物种进行序列的批量下载；4）利用在个人电脑上下载的blast程序，将下载的靶基因序列进行上下游延伸一定区域，一般为50kb；将基因区域与上下游延伸区域即靶区域进行整体提取出；5）用AutoSSR、SSRHunter或SSR Locator软件对靶区域进行SSR搜索，并利用引物设计软件Primer5或Oligo 6进行引物设计；6）根据SSR离靶基因的远近和模体构成确定引物的使用先后顺序：优先选择离靶基因近和由2‑3个碱基模体组成的SSR；7）在QTL定位群体中进行SSR标记检验，如果挑选出的引物在群体中无法扩增出多态性，再在剩余引物中继续挑选直至有多态性为止，然后进行QTL扫描，若开发的标记与靶性状的QTL紧密连锁，且LOD值符合≥3.0的目标，则可以初步判断此标记所连锁的基因即为候选基因；8）将候选基因进行引物设计、克隆、测序、生物信息学分析和转化验证等工作。