禾本科通用型分子标记CNS-AFLP

摘要

本发明公开了禾本科通用型分子标记CNS-AFLP的建立方法和已开发的在禾本科作物中通用性好的引物序列。应用于基因组学、分子生物学和生物信息学领域。本发明以编码序列或EST为模板设计引物，引物设计以非编码保守序列(CNS)为模板设计引物，检测的多态性是两个CNS之间、CNS和Exon之间非编码区的碱基序列长度和酶切位点变异，包括CNS的发掘、引物设计、PCR扩增、扩增片段多态性检测和酶切片段多态性产生与分析等步骤。其特点是跨物种应用的范围较SSR标记、ILP标记和EST标记宽，设计的引物能在禾本科多个物种应用，从而提高研究效率。由于该方法是以PCR技术为基础的分子标记方法，设计的引物通用性强，能够跨物种广泛应用，对基因组研究相对落后的禾本科物种基因组研究和禾谷类作物比较遗传学有更多的促进作用。

主权项

禾本科通用型分子标记CNS‑AFLP方法，主要包括CNS的发掘、引物设计、PCR扩增、扩增片段多态性检测和酶切片段多态性产生与分析步骤；引物是以非编码保守序列CNS为模板进行设计，检测的多态性是两个CNS之间或者CNS和Exon之间非编码区的碱基序列长度和酶切位点变异；其特征在于：所述引物是以下通用性好的引物对，其中的核苷酸序列为5′～3′：1  PHYB‑cns17f         tggctgtgggatttgatg   PHYB‑cns4r          ttgtttccaggcttcttg2  PHYB‑cns18f         gaggagcggtgaagcaaag   PHYB‑exon1r         cggtggaggatggcgtag3  lg2‑cns8f           aaggagtggagtaggagacag   lg2‑cns9r           aaaaggcgaggcatgtctcgc4  lg2‑cns14f          cctccttttatccgtctt   lg2‑cns16r          tcttttcttgggttcagc5  1g2‑cns14f          cctccttttatccgtctt   lg2‑exon3r          gctgttggtgcctcattg6  sus1‑cns6f          gattttgtcgaaacctagta   sus1‑cns9r          atctgaatctgatgcaaa7  tb1‑cns7f           cactggtcctttgtttcg   tb1‑cns2r           gtcctggcatctaagagc8  tb1‑cns7f           cactggtcctttgtttcg   tb1‑exon2r          tgttggtaaagcggtaagt9  SB10G137290‑cns7f   agttgatgccagccacctct   SB10G137290‑cnslr   tttgagccagtccgtttgtt10 SB10G018600‑cns3f   ctggatgggaatctgaact   SB10G018600‑cns8r   agaacctggtgaagacgat11 SB10G135840‑cns2f   gctcacccaatcacgaaa   SB10G135840‑cns3r   ctccctcccaccaaatat12 SB05G008740‑cns4f   agggcttacaatgacagg   SB05G008740‑cns10r  tcaggcaatcaaccactt 。