使用多态计数来解析基因组分数

摘要

公开一种从多态性例如小碱基变化或者插入‑缺失可靠估计基因组分数(例如，胎儿分数)的方法。来自多基因组源的已测序数据用于确定对于一个或多个多态性等位基因计数。对于一个或多个多态性，接合性是分配的，而基因组分数从接合性和等位基因计数确定。某些实施例使用SNP作为相关多态性。所公开的方法能够应用作为目标在于已知多态性的故意的、预先设计的重测序研究的组成部分，或者能够用在从母体血浆产生的重叠序列中巧合发现的变化的回顾性分析中(或者其他任何存在多人DNA的混合物的设定)。

主权项

一种估计在从怀孕个体的体液中获取的DNA中的胎儿DNA分数的方法，所述方法包括：(a)接收体液样本；(b)在提取体液中存在的母体基因组和胎儿基因组两者的DNA的条件下从样本中提取DNA；(c)在生成包含一个或多个多态性的DNA序列读数的条件下利用核酸测序器测序已提取DNA；(d)映射从测序体液中DNA得到的DNA序列读数到与一个或多个多态性对应的参考序列上的一个或多个多态性站，其中映射利用计算装置执行，计算装置编程成映射核酸序列到参考序列上的一个或多个多态性站；(e)对一个或多个多态性确定所映射DNA序列读数的等位基因频率；(f)估计已提取DNA中的胎儿DNA分数，其中估计包括利用在(e)中确定的等位基因频率对两种或更多下列接合性情况中的多态性执行一个或多个计算：(i)怀孕个体是纯合的而胎儿是纯合的，(ii)怀孕个体是纯合的而胎儿是杂合的，(iii)怀孕个体是杂合的而胎儿是纯合的，以及(iv)怀孕个体是杂合的而胎儿是杂合的，其中(e)‑(f)在一个或多个处理器上执行，而该一个或多个处理器在用于确定、分类和估计的程序指令下运行。